针对您提出的“员工病假超过三个月如何解除合同”的问题，这是一个涉及劳动法规定和实际操作细节的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、核心原则：法定医疗期的保护
首先，需要明确的是，员工在病假期间，特别是处于法定医疗期内时，是受到法律特殊保护的。根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，企业职工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，会依据其实际参加工作年限和在本单位工作年限，获得一定期限的医疗期，这个期限可能是三个月到二十四个月不等。
在法定医疗期内，用人单位不得单方面解除劳动合同，这是为了保障员工在生病或受伤期间的基本生活和治疗需求。如果用人单位违法解除劳动合同，员工有权要求继续履行合同，或者获得赔偿金，赔偿金的标准通常是经济补偿标准的二倍。
二、医疗期满后的处理
当员工的病假超过法定医疗期，或者医疗期虽未满但员工已经康复能够工作，但存在以下情况时，用人单位可以考虑解除劳动合同：
不能从事原工作或另行安排的工作：如果员工在医疗期满后，仍然不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，那么用人单位可以提前三十日以书面形式通知员工本人，或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同。此时，用人单位需要按照员工在本单位工作的年限支付经济补偿，每满一年支付一个月工资，六个月以上不满一年的按一年计算，不满六个月的支付半个月工资。
严重违反公司规章制度：如果员工在病假期间存在严重违反公司规章制度的行为，比如虚假请病假、在病假期间从事与病假事实不符的活动等，即使病假未超过法定医疗期，用人单位也有权依据经过民主程序制定且公示过的规章制度解除劳动合同。这种情况下，用人单位可能无需支付经济补偿或赔偿金。
三、特殊情况与建议
特殊疾病或工伤：对于某些特殊疾病（如癌症、精神病等）或工伤导致的长期病假，法律可能有更严格的规定来保障员工的合法权益。在这种情况下，用人单位需要更加谨慎地处理解除劳动合同的问题。
协商解除：除了上述法定情形外，用人单位和员工也可以协商一致解除劳动合同。这种情况下，双方需要签订书面协议，明确各自的权利和义务，以避免后续的法律纠纷。
四、总结与提醒
综上所述，员工病假超过三个月时，用人单位能否解除劳动合同并不是一个简单的“是”或“否”的问题，而是需要根据员工是否仍处于法定医疗期内、医疗期满后的具体情况以及是否存在严重违反规章制度的行为等多个因素来综合判断。
因此，我建议您在实际操作中，首先仔细审查员工的医疗期情况，确保不违反法定医疗期的保护规定；其次，在医疗期满后或存在其他合法解除情形时，严格按照法律程序操作，确保解除劳动合同的合法性；最后，与员工进行充分沟通，尽量通过协商方式解决问题，以减少不必要的法律纠纷和负面影响。