针对您提出的“居间费为乙方公司员工是否违法以及如何处理”的问题，这确实是一个涉及法律与纪律的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、居间费与违法性的界定
居间费的基本性质：
居间费，本质上是一种中介服务费，是居间人（即中间人）为促成双方交易或合作而提供的服务所获得的报酬。在合法合规的前提下，居间费是受到法律保护的。
违法性的判断：
- 资质问题：如果居间活动涉及特定行业（如建筑施工），且居间人或交易双方不具备相应资质，通过居间方式规避国家强制性规定（如资质要求），则可能构成违法。例如，在建筑工程领域，无资质的个人或企业通过支付居间费来“挂靠”有资质的公司进行施工，这是明确违法的。
- 职务便利：对于乙方公司员工而言，如果其利用职务之便，在单位或个人之间“牵线搭桥”，并收取居间费，且这种行为与其职务有直接关联，可能构成违规从事有偿中介活动，甚至可能涉及受贿或介绍贿赂等违法犯罪行为。
二、违法居间费的处理方式
合同无效与财产返还：
- 如果居间合同因违反法律强制性规定而被认定为无效，那么因该合同取得的财产应当相互返还。但考虑到居间人可能提供了一定的服务（如信息沟通、引荐等），这些服务本身无法“返还”，因此应折价补偿。
- 法院在判决时，会根据双方的过错程度、实际履行情况等因素，公平地确定财产返还和损失分担。
纪律处分与法律责任：
- 对于乙方公司员工而言，如果其违规从事有偿中介活动，根据《中国共产党纪律处分条例》等相关规定，可能会受到警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看甚至开除党籍等纪律处分。
- 如果其行为构成受贿或介绍贿赂等违法犯罪行为，还将依法承担刑事责任。
三、建议与措施
加强合规意识：
- 乙方公司应加强对员工的合规培训，确保员工了解并遵守相关法律法规和公司规章制度，避免违规从事有偿中介活动。
完善内部管理：
- 公司应建立健全内部管理制度，明确禁止员工利用职务之便从事有偿中介活动，并设立相应的监督机制和举报渠道。
及时咨询与处理：
- 如果公司或员工发现存在违规从事有偿中介活动的行为，应及时咨询法律专业人士或纪检监察机关，了解相关法律规定和纪律要求，并采取相应措施进行处理。
积极配合调查：
- 如果相关行为已被纪检监察机关或司法机关立案调查，公司及员工应积极配合调查工作，如实说明情况，提供相关证据材料。
综上所述，居间费本身并不违法，但关键在于居间活动的合法性和合规性。对于乙方公司员工而言，应严格遵守相关法律法规和公司规章制度，避免违规从事有偿中介活动。如果发现相关行为，应及时咨询并处理，以避免不必要的法律风险和纪律处分。