在回复投标单位的质疑函时，并不强制要求质疑单位签署质疑函收到书，但建议通过书面形式确认收悉，并保留好相关证据。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律层面分析
从现行的法律法规来看，并没有明确规定在回复投标单位的质疑函时，必须要求质疑单位签署质疑函收到书。然而，为了确保采购活动的公平、公正和透明，以及维护双方的合法权益，建议招标方在收到质疑函后，通过书面形式（如邮件、传真或快递回执等）确认收悉，并保留好相关证据。这样做有助于证明招标方已经及时收到了质疑函，并开始了相应的处理流程。
二、实际操作建议
确认收悉：招标方在收到质疑函后，应立即通过书面形式确认收悉，并记录收到时间。这可以通过回复邮件、传真确认或快递回执等方式实现。
审查质疑：对质疑函的内容进行详细审查，包括质疑的时效性、主体资格、内容与格式等。确保质疑符合相关法律法规及招标文件的要求。
准备答复：根据审查结果，组织相关部门或专家对质疑事项进行深入调查，并准备答复材料。答复材料应明确回应质疑点，提供充分的事实和法律依据。
正式答复：在收到质疑函后7个工作日内，以书面形式作出正式答复，并通知质疑单位及其他相关供应商。答复内容应清晰、准确、全面，并体现专业性和合作诚意。
保留证据：在整个处理过程中，招标方应保留好所有与质疑处理相关的文件材料，包括质疑函、答复函、调查记录、证明材料等。这些材料将作为采购文件的一部分妥善归档保存，以备后续查阅和审计。
三、风险防范
避免延误：招标方应及时处理质疑函，避免因延误处理而导致的不必要法律风险。如果因特殊情况需要延长处理时间，应及时通知质疑单位并说明理由。
保护隐私：在答复过程中，招标方应严格保护商业秘密和个人隐私，避免泄露敏感信息。如果质疑事项涉及商业秘密或个人隐私，应在答复中予以说明并采取相应的保护措施。
告知权利：在答复中，招标方应明确告知质疑单位依法投诉的权利及途径。如果质疑单位对答复不满意，可以依法向相关部门投诉或寻求其他法律救济途径。
四、示例操作
假设招标方收到了一份质疑函，质疑某项目的中标结果。招标方可以按照以下步骤操作：
确认收悉：通过邮件回复质疑单位，确认已经收到质疑函，并记录收到时间。
审查质疑：对质疑函的内容进行详细审查，包括质疑的时效性、主体资格、内容与格式等。如果质疑符合要求，则继续处理；如果不符合要求，则及时通知质疑单位并说明理由。
准备答复：组织相关部门或专家对质疑事项进行深入调查，并准备答复材料。答复材料应明确回应质疑点，如解释中标结果的评定依据、提供相关证明材料等。
正式答复：在收到质疑函后7个工作日内，以书面形式作出正式答复，并通知质疑单位及其他相关供应商。答复内容应清晰、准确、全面，并体现专业性和合作诚意。
保留证据：将质疑函、答复函、调查记录、证明材料等文件材料妥善归档保存，以备后续查阅和审计。
如果你在处理质疑函过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。