针对您提出的“项目质疑回复是否需要甲方盖章”的问题，我们可以从相关法律法规和实际操作流程的角度来详细解答。
首先，根据《政府采购质疑和投诉办法》（财政部令第94号）的相关规定，采购人或代理机构在收到供应商的书面质疑后，需要在法定期限内作出书面答复。这一答复应当是对质疑内容的明确回应，并需要体现出答复的正式性和权威性。
关于答复是否需要盖章的问题：
法律法规要求：虽然直接的法律条文可能并未明确提及“答复必须盖章”，但从答复的正式性和法律效力角度出发，加盖公章是体现答复权威性和正式性的重要方式。这有助于确保答复的严肃性和可追溯性。
实际操作惯例：在政府采购等正式场合，书面答复通常需要加盖单位公章，以证明答复的正式性和有效性。这不仅是行业惯例，也是确保答复被认可和接受的重要保障。
避免纠纷：如果答复未加盖公章，可能会引发供应商对答复真实性和有效性的质疑，进而可能导致不必要的纠纷和投诉。因此，从风险防控的角度出发，加盖公章也是必要的。
结论：
综合以上分析，我们可以得出结论：在项目质疑回复中，为了确保答复的正式性、权威性和有效性，采购人或代理机构的书面答复应当加盖本单位公章。这样做不仅符合行业惯例，也有助于避免潜在的纠纷和投诉。
如果您在项目质疑回复过程中遇到任何问题或需要进一步的帮助，请随时与我们联系。我们将竭诚为您提供清晰、详细、有深度的解答。