公司追讨社保个人应缴部分存在诉讼时效限制，一般为3年，但存在特殊情形。具体分析如下：

1. 一般情形下的诉讼时效
   根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或应当知道权利受损之日起计算。若公司发现员工未缴纳个人应缴社保部分，需在知道或应当知道该事实之日起3年内提起诉讼或仲裁，否则可能因超过时效丧失胜诉权。

2. 特殊情形下的时效延长

   • 中断与中止：若公司在时效期间内通过书面催告、协商等方式主张权利，或员工明确表示愿意补缴，时效可中断并重新计算；若因不可抗力（如自然灾害、疫情）导致公司无法主张权利，时效可中止，待障碍消除后继续计算。
     
   • 劳动关系存续期间：若员工仍在公司工作，公司追讨社保的时效可能因劳动关系存续而暂缓计算，但需注意，部分地区法院可能认为社保追缴属于行政范畴，不适用民事诉讼时效，需结合当地司法实践判断。

3. 行政追缴与诉讼时效的关系
   社保费用缴纳争议可能涉及行政程序（如社保部门稽核、强制征缴）。若公司已通过社保部门追缴，行政程序本身不受民事诉讼时效限制，但若公司需通过民事诉讼（如要求员工返还已垫付的社保费用），则需遵守3年诉讼时效。

建议：

• 公司应定期核查社保缴纳记录，发现员工未缴纳个人部分时，及时通过书面形式催告并留存证据（如邮件、签字确认单）。
  
• 若员工拒绝补缴，公司需在时效内通过劳动仲裁或诉讼主张权利，避免因拖延导致权益受损。
  
• 具体操作需结合当地司法实践，如有疑问可直接向我咨询，我会结合您所在地区的案例和法规进一步分析。