结论：一般情况下，如果某个行为已经超过了行政处罚的两年追诉期（特定情况下为五年），行政机关不应再对该行为进行立案和处罚。但需注意一些特殊情况，它们可能会影响追诉时效的计算和应用。
一般情况下的处理原则
时效过期不立案：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条的规定，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，期限延长至五年。这意味着，一旦违法行为超过了法定的处罚时效，行政机关若立案并给予行政处罚，将缺乏法律依据，不符合依法行政的要求。
- 法律的设定旨在促使行政机关及时行使职权，稳定社会秩序，并平衡个人权益与社会公共利益之间的关系。追诉时效的存在是为了避免无限期地追究违法行为，从而保护个人权益不受不必要侵害，减少社会不稳定因素。
保护个人权益与维护公平：
- 超过追诉时效的违法行为不再被立案和处罚，体现了法律对个人权益的保护。它确保了个人不会因过去的违法行为而长期受到威胁或困扰，有助于维护社会的公平正义。
特殊情况的考量
尽管一般情况下时效过期不应立案，但以下特殊情况需特别注意：
时效计算起点：
- 对于连续或继续状态的违法行为，如持续违法排放污染物，时效从行为终了之日起计算。这意味着，只要违法行为未停止，时效就未开始起算。因此，在这种情况下，即使违法行为已经持续了多年，但只要它仍在继续，行政机关仍然可以对其进行立案和处罚。
法律另有规定：
- 若其他法律对行政处罚时效有特别规定，如《治安管理处罚法》中的六个月追诉期，则应适用该特别规定。这意味着，在某些特定领域或情况下，行政处罚的追诉时效可能短于或长于两年或五年。
恶意逃避与隐瞒：
- 在追诉时效期间内，如果行为人再次实施同样违法行为或有充分证据证明其存在逃避、隐瞒等恶意行为，这些情况可能会影响追诉时效的计算和应用。具体需根据法律规定和案件事实判断。例如，如果行为人通过伪造文件、隐藏证据等方式试图逃避处罚，行政机关可能会认为其恶意行为中断了追诉时效的计算，从而仍然可以对其进行立案和处罚。
法律建议
- 对于行政机关：在决定是否对某个违法行为进行立案和处罚时，应首先审查该行为是否已经超过了法定的追诉时效。如果超过了时效，且不存在上述特殊情况，则不应再对其进行立案和处罚。
- 对于个人或企业：如果认为自己或企业的某个行为可能涉及行政处罚，且该行为已经发生了一段时间，应首先了解相关法律法规中关于追诉时效的规定。如果认为该行为已经超过了追诉时效，且不存在特殊情况，可以咨询专业律师以了解自己的权益和可能的法律后果。
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