针对您提出的“案件已经结清但没有结清证明，原告不承认怎么办”的问题，以下是我的详细解答：

1. 法律背景与原则：

   • 在民事诉讼中，证据是认定事实的基础。若案件已实际结清，但缺乏书面结清证明，原告不承认时，被告需承担举证责任，证明案件已结清的事实。

2. 可能的情况与应对策略：

   • 情况一：存在其他间接证据证明结清：

     • 应对策略：收集并整理所有能证明案件已结清的间接证据，如转账记录、聊天记录、录音录像、证人证言等。这些证据应能形成一个完整的证据链，足以证明案件已结清的事实。
     • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》第六十七条：“当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。”以及第六十八条：“证据应当在法庭上出示，并由当事人互相质证。对涉及国家秘密、商业秘密和个人隐私的证据应当保密，需要在法庭出示的，不得在公开开庭时出示。”

   • 情况二：缺乏任何证据证明结清：

     • 应对策略：

          - **尝试与原告协商**：通过沟通，看是否能达成和解，让原告承认案件已结清的事实，并出具书面确认文件。
          - **申请法院调查取证**：若协商无果，且被告确信案件已结清，可向法院申请调查取证，请求法院调取相关证据，如银行转账记录、第三方支付平台交易记录等。但需注意，法院调查取证的范围和可能性受法律限制，并非所有情况都能成功调取。
          - **承担不利后果**：若无法提供足够证据证明案件已结清，且法院无法调取到相关证据，被告可能需承担不利后果，即法院可能认定案件未结清，被告需继续履行相关义务或承担赔偿责任。
       

3. 建议与注意事项：

   • 及时收集证据：在案件结清时，应尽可能要求对方出具书面结清证明，或保留好所有相关证据，以防后续纠纷。
   • 咨询专业律师：在处理此类纠纷时，建议咨询专业律师，以便更准确地评估证据、制定策略，并有效维护自身权益。
   • 保持冷静与理性：面对纠纷时，应保持冷静与理性，避免情绪化行为或言论，以免对案件处理产生不利影响。

总结：若案件已结清但缺乏结清证明，且原告不承认时，被告应首先尝试收集并整理所有能证明案件已结清的间接证据。若缺乏证据，可尝试与原告协商或申请法院调查取证。若仍无法证明案件已结清，被告可能需承担不利后果。因此，在处理此类纠纷时，务必谨慎行事，并咨询专业律师的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。