核心结论：被告可先尝试与原告友好沟通，若沟通无果，可通过法律途径解决，如向法院说明情况或提起诉讼要求原告履行配合义务。以下为具体情况分析：

1. 尝试友好沟通

   • 被告在发现原告不配合提交结清证明时，首先应尝试与原告进行友好、诚恳的沟通。可以通过电话、书面函件或者当面交流的方式，向原告说明提交结清证明对于被告的重要性，例如可能涉及到被告的信用记录修复、后续贷款申请、与其他商业伙伴的合作等。在沟通中，要保持冷静和理性，避免情绪化的表达，以增加原告配合的可能性。
   • 例如，被告可以这样与原告沟通：“您好，我们已经按照约定还清了欠款，现在需要您配合向法院提交结清证明，这对我们后续的商业活动非常重要，希望您能理解并给予支持。”

2. 向法院说明情况

   • 如果友好沟通未能取得效果，被告可以向受理该案件的法院说明情况。向法院提交书面申请，详细阐述被告已经还清欠款的事实，以及原告不配合提交结清证明的情况，并请求法院协助处理。
   • 法院在收到被告的申请后，会根据具体情况进行调查和核实。如果法院认为被告的申请合理，可能会采取一些措施，如联系原告，要求其配合提交结清证明；或者根据被告提供的证据，直接出具相关的法律文书，证明欠款已经结清。
   • 例如，被告可以向法院提交还款凭证、与原告的沟通记录等证据，以支持自己的申请。法院在核实后，可能会向原告发出通知，要求其在一定期限内提交结清证明，否则将承担相应的法律责任。

3. 提起诉讼要求原告履行配合义务

   • 在极端情况下，如果原告仍然拒绝配合，被告可以考虑通过提起诉讼的方式，要求原告履行配合向法院提交结清证明的义务。被告需要准备充分的证据，证明自己已经还清欠款，以及原告的不配合行为给自己造成了损失或者潜在的风险。
   • 在诉讼过程中，被告需要向法院提交起诉状、证据材料等，并按照法院的要求参加庭审。法院会根据双方提供的证据和陈述，进行审理和判决。如果法院认定原告有义务配合提交结清证明，而其拒绝履行，法院可能会判决原告承担相应的法律责任，如赔偿被告因此遭受的损失、强制原告配合提交结清证明等。
   • 例如，被告可以起诉原告侵犯了自己的合法权益，要求原告赔偿因无法及时获得结清证明而导致的商业机会丧失、信用评级下降等损失。同时，要求法院判决原告配合向法院提交结清证明。

在处理此类问题时，被告应始终保持合法合规的原则，通过合理的途径和方式解决问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可直接向我咨询。