结论前置：发包方明知工程质量有问题，但仍然未经竣工验收就擅自使用，除地基基础工程和主体结构的质量问题外，一般由发包方自行承担工程质量责任；承包人则需在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量负责。

详细分析：

1. 发包方的责任：

   • 根据《建筑法》第六十一条第二款及最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第十三条（原第十四条）的规定，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，视为其认可工程质量合格或同意对工程发生的质量问题自担风险。因此，除地基基础工程和主体结构外，因擅自使用导致的其他质量问题，如墙面裂缝、装修损坏等，由发包人自行承担责任。

2. 承包方的责任：

   • 承包人需在建设工程的合理使用寿命内，对地基基础工程和主体结构的质量承担责任，无论工程是否经过验收。这是依据《建筑法》第六十条第一款的强制性规定，即建筑物在合理使用寿命内，必须确保地基基础工程和主体结构质量。
   • 承包人的这一责任是法定的，不能因发包人的擅自使用而免除。即使工程未经竣工验收，承包人也应确保地基基础工程和主体结构的质量符合约定和法律要求。

3. 特殊情况说明：

   • 地基基础工程和主体结构是建设工程的核心部分，关乎整个工程的安全和稳定。因此，无论发包人是否擅自使用，承包人都需对其在合理使用寿命内的质量负责。
   • 如果质量问题是明显由承包人的施工缺陷造成，且属于法定或合同约定的保修范围和期限内，即使发包人擅自使用工程，承包人仍需负责维修和赔偿。

4. 法律建议：

   • 为避免不必要的法律风险和经济纠纷，建议发包人在工程竣工验收前不要擅自使用；同时，承包人也应积极配合完成竣工验收工作，确保工程质量符合约定和法律要求。
   • 双方应共同遵守相关法律法规和合同条款，维护建设工程的合法性和安全性。如果发生纠纷，应及时咨询专业律师，通过法律途径解决争议。

综上所述，发包方明知工程质量有问题却未经竣工验收擅自使用，除地基基础工程和主体结构的质量问题外，一般由发包方自行承担工程质量责任；而承包人则需在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量负责。