工程已经投入使用，发包人通常仍能以工程存在质量问题要求施工方承担责任，但具体责任承担需结合质量问题的成因、合同约定及法律规定综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、施工方原因导致质量问题的责任承担

若工程质量问题确由施工方原因引发（如偷工减料、未按设计图纸或施工规范施工等），根据《中华人民共和国民法典》第八百零一条规定：“因施工人的原因致使建设工程质量不符合约定的，发包人有权请求施工人在合理期限内无偿修理或者返工、改建。经过修理或者返工、改建后，造成逾期交付的，施工人应当承担违约责任。”
法律后果：

1. 发包人有权要求施工方在合理期限内免费修复或返工；
   
2. 若修复或返工导致工程逾期交付，施工方需承担违约责任（如支付违约金、赔偿损失等）；
   
3. 若质量问题严重到无法修复，发包人可要求减少价款或解除合同，并主张赔偿。

二、发包人自身原因导致质量问题的责任承担

根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第十三条规定，发包人在以下情形中需对工程质量缺陷承担过错责任：

1. 提供的设计有缺陷：如设计不符合国家强制性标准或规范，导致工程出现质量问题（例如桥梁设计承载力计算错误导致下沉）；
   
2. 提供或指定购买的建材、构配件、设备不符合标准：如发包人指定使用不合格水泥，导致混凝土构件裂缝；
   
3. 直接指定分包人分包专业工程：如发包人指定无资质分包单位施工消防工程，导致设施无法正常运行。
   法律后果：
   若质量问题由发包人上述行为导致，施工方不承担责任，发包人需自行承担修复费用及可能产生的损失。

三、不可抗力或第三方原因导致质量问题的责任承担

若质量问题由不可抗力（如地震、洪水等自然灾害）或第三方行为（如相邻工程施工导致地基沉降）导致，且超出施工方可控范围，根据《民法典》相关规定，施工方通常不承担责任。
例外情形：
若施工合同中约定施工方需对不可抗力风险采取防范措施（如加固地基），而施工方未履行，则可能需承担部分责任。

四、实务建议

1. 核查合同约定：

   • 重点审查合同中关于质量标准、验收程序、保修期限及责任承担的条款；
     
   • 若合同明确约定“投入使用即视为质量合格”，发包人主张质量责任的难度将增加，但若质量问题隐蔽且后续暴露，仍可能通过司法鉴定主张权利。

2. 固定证据：

   • 发包人应保留工程验收记录、质量检测报告、沟通记录等证据；
     
   • 施工方应留存施工过程记录、材料合格证明等，以证明自身无过错。

3. 协商或诉讼路径：

   • 双方可协商修复方案或赔偿金额；
     
   • 若协商不成，发包人可向法院起诉，要求施工方承担修复费用、违约金或损失赔偿；
     
   • 施工方若认为质量问题非自身原因，可反诉发包人承担过错责任。

总结：工程投入使用后，发包人能否要求施工方承担质量责任，核心在于质量问题的成因。若因施工方原因导致，发包人有权主张权利；若因发包人自身过错或不可抗力导致，则责任可能由发包人自行承担。建议双方在合同中明确质量标准及责任划分，并在发生争议时及时固定证据，通过法律途径解决。如有进一步疑问，可直接向我咨询。