结论：医院见习生一周上六天班却只发五天工资是否合法，需根据见习生的身份性质以及是否存在加班事实来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、见习生身份性质的影响
若见习生属于劳动关系中的劳动者：
- 根据《劳动法》及相关规定，劳动者享有取得劳动报酬的权利，且工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。
- 如果见习生与医院之间建立了劳动关系，那么医院应当按照约定支付工资。一周工作六天，若其中一天为正常工作日外的加班，医院应支付加班费；若六天均为正常工作日（这种情况较为特殊，一般每周工作五天），则医院应支付六天的工资。仅支付五天工资，可能构成克扣工资，是违法的。
若见习生不属于劳动关系中的劳动者：
- 例如，见习生可能是学生实习、志愿者或基于其他非劳动关系进入医院的人员。
- 在这种情况下，见习生与医院之间可能不适用《劳动法》的调整，而是受其他法律法规或双方约定的约束。
- 如果双方约定了一周工作六天只支付五天工资，且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么可能不构成违法。但这样的约定应当明确、合理，并充分考虑见习生的权益。
二、加班事实的存在与否
- 无论见习生是否属于劳动关系中的劳动者，如果一周工作六天中存在加班情况（即超出正常工作时间的工作），且医院未支付相应的加班费，那么医院的行为可能违法。
- 加班费的支付标准通常根据加班的时间（工作日、休息日、法定节假日）和劳动者的工资水平来确定。
三、具体建议
明确身份性质：
- 见习生应首先明确自己与医院之间的法律关系，是劳动关系还是其他关系。
- 这可以通过查看见习协议、医院规章制度或咨询相关部门来确定。
收集证据：
- 见习生应收集与工作时间、工资支付相关的证据，如考勤记录、工资条、见习协议等。
- 这些证据将有助于证明医院是否存在克扣工资或未支付加班费的行为。
协商或投诉：
- 如果见习生认为医院的行为违法，可以尝试与医院进行协商，要求支付应得的工资和加班费。
- 如果协商无果，见习生可以向当地的劳动监察部门投诉，或者根据身份性质选择其他适当的投诉渠道。
寻求法律帮助：
- 如果问题复杂或涉及金额较大，见习生可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护自己的权益。
示例：假设见习生小张与医院签订了见习协议，约定一周工作六天，但医院只支付五天工资。如果小张属于劳动关系中的劳动者，且没有特殊约定（如调休等），那么医院的行为可能构成克扣工资。小张可以收集考勤记录、工资条等证据，向劳动监察部门投诉或寻求法律帮助。
总之，医院见习生一周上六天班却只发五天工资是否合法，需根据具体情况来判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。