针对您提出的“跨省移交案件证据不足的怎么办”这一问题，我会从法律程序和实际操作两个层面为您详细解答。
首先，从法律程序的角度来看，当跨省移交的案件在侦查阶段发现证据不足时，这并不意味着案件就此终结。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释的规定，对于证据不足的案件，检察院在审查起诉阶段可以要求补充侦查。如果经过补充侦查后，检察院仍然认为证据不足、不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。这一规定同样适用于跨省移交的案件，确保了案件处理的公正性和合法性。
其次，如果案件已经进入法院审判阶段，但证据仍然不足，无法认定被告人有罪的，法院应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。这一判决是基于法律对证据充分性的严格要求，旨在保护被告人的合法权益，避免冤假错案的发生。
在实际操作中，跨省移交的案件由于涉及不同地区的司法机关，因此在处理证据不足的问题时，需要更加注重沟通协调和程序规范。具体来说：
加强沟通协调：跨省移交的案件往往涉及多个地区的司法机关，因此，在处理证据不足的问题时，各相关机关应加强沟通协调，共同分析案件情况，探讨补充证据的可能性。
严格遵循程序：在处理证据不足的案件时，必须严格遵循法律程序，确保每一步都合法合规。这包括补充侦查的程序、不起诉决定的作出程序以及无罪判决的宣告程序等。
注重证据收集：对于证据不足的案件，应注重进一步收集证据，特别是那些关键性、决定性的证据。这可能需要跨地区、跨部门的合作与协调，以确保证据的完整性和有效性。
保护被告人权益：在处理证据不足的案件时，应始终注重保护被告人的合法权益。如果证据确实不足，无法认定被告人有罪，那么应依法作出无罪判决，避免对被告人造成不必要的伤害。
综上所述，跨省移交的案件在证据不足时，应依法进行补充侦查、作出不起诉决定或无罪判决。同时，各相关机关应加强沟通协调、严格遵循程序、注重证据收集并保护被告人权益，以确保案件处理的公正性和合法性。