在船舶抵押中，如果已经登记了抵押权，而后船舶被转让，抵押权人的抵押权在符合法定条件的情况下仍然可以正常行使。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据与抵押权保护
《中华人民共和国海商法》第十七条明确规定：“船舶抵押权设定后，未经抵押权人同意，抵押人不得将被抵押船舶转让给他人。”这一条款为抵押权人提供了法律保护，确保在未经其同意的情况下，抵押人不能随意转让被抵押的船舶，从而维护了抵押权人的合法权益。
抵押权的物权效力：抵押权作为一种物权，具有对世性和排他性。这意味着，一旦抵押权设立并登记，它就对抵押物（即船舶）产生了法律上的约束力，无论抵押物如何流转，抵押权人的权利都受到法律保护。
二、船舶转让的条件与程序
抵押权人同意：在船舶抵押后，若要进行转让，必须首先获得抵押权人的书面同意。这是保障抵押权人利益的重要措施，也是船舶转让的前提条件。
清偿债务或提供替代担保：抵押权人可能会要求受让方继续承担原抵押合同中的义务，或者要求提前清偿债务以解除抵押权。如果抵押权人要求提前清偿债务，转让方需确保债务得到完全清偿；或者，转让方可以提供经抵押权人认可的替代担保，以确保抵押权人的权益不受损害。
办理相关手续：抵押人在转让船舶前，应通知抵押权人，并按照法律规定和合同约定办理相关手续，包括向海事管理机构提交必要的文件，如船舶所有权证书、抵押权登记证书等，以及填写船舶变更登记申请书等。
三、抵押权行使的特殊情况
拍卖情形：如果船舶因法院强制执行等原因被拍卖，买受人通过合法途径取得船舶所有权时，原抵押权可能因拍卖而消灭或转移给买受人（取决于具体法律规定和拍卖公告的内容）。但即便如此，买受人仍需关注船舶上是否存在其他未了结的债务或纠纷，且抵押权人在拍卖过程中也有权依法主张其权益。
抵押权随债权转移：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，抵押权不得与债权分离而单独转让或者作为其他债权的担保。债权转让的，担保该债权的抵押权一并转让。因此，在船舶抵押权所担保的债权发生转让时，船舶抵押权也将随之一并转让给新的债权人。
四、建议与注意事项
风险防控：在船舶抵押后进行转让时，各方应充分了解相关法律法规和合同条款，确保交易合法合规。抵押权人应密切关注船舶的流转情况，及时行使自己的权利。
信息披露：卖方应如实告知买方船舶的抵押情况和其他重要信息，避免隐瞒或误导。买方在购买船舶前，也应进行充分的尽职调查，了解船舶的抵押状况和其他法律风险。
专业咨询：在涉及船舶抵押和转让的复杂交易中，建议各方寻求专业律师的帮助。作为专业律师，我可以提供全面的法律咨询和代理服务，确保各方的权益得到充分保护。
综上所述，在船舶抵押中，如果已经登记了抵押权，而后船舶被转让，抵押权人的抵押权在符合法定条件的情况下仍然可以正常行使。但各方应严格遵守相关法律法规和合同条款，确保交易的合法性和安全性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。