公司以调休方式扣工资，一般情况下是不合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与通常不合法的原因
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十一条，劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。这意味着，在正常的休息日或法定节假日，员工有权享受带薪休假，用人单位不得无故扣减工资。
- 同时，《中华人民共和国劳动合同法》第三十条也规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
调休的本质：
- 调休是对劳动者工作时间的一种调整安排，并不改变劳动者为用人单位提供劳动的总量。因此，在正常的调休情况下，劳动者的工资应按照正常出勤来计算，不应因调休而被扣减。
二、可能合法的特殊情况
尽管通常情况下公司以调休方式扣工资是不合法的，但也存在某些特殊情况下扣减工资可能具有合法性：
员工缺勤：
- 如果员工在调休期间没有按照公司的要求提供正常劳动，比如未经批准擅自缺勤，那么公司可以根据合法有效的规章制度，对这部分缺勤进行相应处理，可能涉及扣除对应工资。但这种情况下的扣工资并非因为调休本身，而是因为员工的缺勤行为。
公司规章制度：
- 如果公司有明确的规章制度，规定在特定情况下（如员工严重违反公司规定、造成经济损失等）可以扣减工资，并且这些规章制度已经过民主程序制定、向员工公示，且内容合法合规，那么在这些特定情况下，公司可能依据规章制度扣减工资。但这种情况与调休本身无直接关联，而是基于员工的违规行为或给公司造成的损失。
三、应对措施与建议
沟通协商：
- 如果员工认为公司以调休方式扣工资的行为不合法，首先应与公司进行沟通协商，要求公司说明扣工资的原因并提供相应依据。
投诉举报：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉举报，寻求政府部门的帮助。劳动监察部门有权对公司的违法行为进行调查处理，并要求公司改正并补足工资。
劳动仲裁与诉讼：
- 如果投诉也无法解决问题，员工可以向劳动仲裁委员会申请仲裁。对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
四、总结与提醒
公司不能随意以调休为由扣除员工工资。在大多数情况下，这种行为是不合法的。员工应充分了解自己的权益，并在权益受损时及时采取措施维护自身合法权益。同时，公司也应遵守相关法律法规的规定，确保员工的合法权益不受侵害。如果员工对公司以调休方式扣工资的行为有疑问或不满，可以直接向我咨询，我将提供专业的法律意见和帮助。