结论：公司因员工忘记打上班卡而直接扣工资的做法，在某些情况下可能合理，但必须符合法定条件和程序；在另一些情况下则不合理甚至违法。具体是否合理，需结合公司规章制度、扣款金额及目的等因素综合判断。
一、从公司规章制度角度看合理性
制度合法性基础：
- 若公司已通过民主程序制定考勤制度（如经职工代表大会讨论），并明确将打卡作为考核依据，该制度具有法律效力。员工入职时签署的劳动合同或员工手册中包含此类条款，则视为双方已达成合意。在此情况下，若员工因自身原因忘记打卡，公司按照制度规定适当扣减工资，是合理的。
执行公平性要求：
- 制度需对全体员工统一适用，避免选择性执法。例如，公司规定每月有固定次数的补卡机会，超出部分按缺勤处理，该规则对所有岗位一视同仁，符合公平原则。若公司制度存在不公平或歧视性条款，则以此为由扣工资是不合理的。
二、从扣款金额与性质角度看合理性
工资扣除法定限制：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。例如，若员工月薪5000元，单次忘打卡扣款不应超过1000元，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
扣款性质的区分：
- 合理扣款情形：因未打卡导致无法核实出勤，按旷工半天扣除相应日薪（如日薪200元）属于合理范畴。这种扣款与员工的实际缺勤情况相对应，且扣款金额合理。
- 不合理扣款情形：以“管理成本”名义每次扣款50元且无对应损失证明，可能被认定为变相罚款。这种扣款缺乏合理依据，且可能侵犯员工的合法权益。
三、从管理目的角度看合理性
正向激励设计：
- 合理的考勤制度应包含补救机制，如允许每月固定次数的补卡申请，既维护制度严肃性又体现人性化管理。例如，某企业设置“年度全勤奖励”，同时提供线上补卡流程，有效平衡了管理需求与员工权益。这种设计有助于激发员工的积极性，提高工作效率。
负面效应评估：
- 过度依赖扣款可能导致员工抵触情绪，影响工作效率。例如，某公司曾因单次忘打卡扣款200元引发集体申诉，最终调整为弹性打卡制度，反而提升了员工满意度。因此，公司在制定考勤制度时，应充分考虑员工的感受和需求，避免过度严苛导致负面效应。
四、劳动者应对措施
沟通协商：
- 若公司因忘记打卡扣除了员工工资，员工首先应与公司进行沟通协商，了解扣工资的具体原因和依据，并要求公司提供相应的规章制度文本。通过沟通协商，有助于双方增进理解，达成共识。
投诉举报：
- 若协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门进行投诉举报，请求其介入调查并处理。劳动监察部门具有专业的调查和处理能力，能够为员工提供有效的帮助和支持。
法律途径：
- 员工还可以依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁，对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。在采取法律途径时，员工应保留好相关证据材料，如工资条、考勤记录等，以便在仲裁或诉讼过程中证明自己的主张。
总结与建议：公司在管理员工时，应确保规章制度的合法性、合理性和公平性。对于忘记打卡这一行为，公司可以通过制定合法有效的规章制度来规范，并采取适当的处罚措施（如警告、罚款等），但直接扣除工资应谨慎对待，并确保符合法律法规的要求。同时，员工也应增强法律意识，了解自己的权益和义务，在遭遇不合理扣款时及时采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。