当用人部门提出人员不能胜任工作时，人资部门应当采取以下步骤来妥善处理：
确认不能胜任工作的依据：
- 人资部门首先需要与用人部门沟通，明确其提出员工不能胜任工作的具体依据。这通常包括员工的工作表现、业绩考核、工作态度、技能水平等方面的评估。
- 确保用人部门的评估是基于客观、公正的标准，并且有充分的证据支持，如工作记录、考核报告、同事或客户的反馈等。
进行内部调查与核实：
- 人资部门应独立进行调查，核实用人部门提出的不能胜任工作的理由是否成立。这可以通过与员工本人沟通、查阅相关记录、进行技能测试或评估等方式进行。
- 在调查过程中，人资部门应保持中立和客观，确保调查结果的公正性。
与员工进行沟通：
- 如果调查结果显示员工确实存在不能胜任工作的情况，人资部门应与员工进行坦诚的沟通，告知其用人部门的评估结果和公司的决定。
- 在沟通过程中，人资部门应倾听员工的意见和解释，了解员工对不能胜任工作的看法和可能的改进措施。
考虑培训或调岗：
- 根据员工的实际情况和公司的需求，人资部门可以考虑为员工提供培训或调岗的机会，以帮助员工提升技能或适应新的工作岗位。
- 如果员工愿意接受培训或调岗，并且公司认为这是可行的解决方案，那么人资部门应制定相应的计划并跟进实施。
依法处理劳动关系：
- 如果员工不能胜任工作，且经过培训或调岗后仍然无法胜任，或者员工拒绝接受培训或调岗，那么人资部门应依据相关法律法规和公司的规章制度，依法处理劳动关系。
- 这可能包括与员工协商解除劳动合同、支付经济补偿金等。在处理过程中，人资部门应确保所有程序都符合法律法规的要求，避免引发劳动争议。
完善相关制度和流程：
- 人资部门应借此机会审视和完善公司的相关制度和流程，如绩效考核制度、培训制度、调岗制度等，以确保这些制度能够更有效地评估员工的工作表现、提升员工的技能水平、适应公司的变化需求。
在处理此类问题时，人资部门还需要注意以下几点：
- 保持沟通畅通：与用人部门和员工保持密切的沟通，确保信息的准确传递和及时反馈。
- 遵循法律法规：在处理劳动关系时，必须严格遵守相关法律法规和公司的规章制度，确保程序的合法性和公正性。
- 保护员工权益：在处理过程中，应尊重员工的权益和尊严，避免对员工造成不必要的伤害或损失。
若遇到复杂情况或不确定如何处理时，人资部门可以寻求专业法律意见，以确保公司的决策合法合规，并有效维护公司的利益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。