结论：公司仅发放基本工资而未发放年终奖中的绩效部分是否合法，需根据劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、劳动合同及公司规章制度的角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了年终奖的发放条件、金额或计算方式，且该约定中包含了绩效部分，那么公司未按照约定发放绩效部分可能构成违约。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。”年终奖作为劳动报酬的一部分，应受此条款约束。
公司规章制度：
- 如果公司规章制度中规定了年终奖的发放规则，且该规则合法有效（如经过民主程序制定、已公示或告知劳动者等），那么公司应按照规章制度执行。
- 注意点：若规章制度中未明确年终奖包含绩效部分，或者规定模糊，则公司可能有一定的解释空间。但无论如何，公司都不能随意剥夺劳动者应得的劳动报酬。
二、法律法规的角度
年终奖的法定性质：
- 年终奖并非法律强制规定的福利，而是公司根据自身情况自主决定的奖励措施。因此，其发放与否、发放金额及方式等，通常取决于公司的政策和劳动合同的约定。
- 但：如果公司通过规章制度或劳动合同将年终奖与劳动者的劳动成果、工作表现等挂钩，并明确规定了绩效部分的发放条件，那么公司就有义务按照约定发放。
公平原则：
- 即使劳动合同或公司规章制度中未明确年终奖的发放规则，公司也应遵循公平原则，根据劳动者的实际工作表现、贡献等因素合理确定年终奖的金额。
- 如果：公司仅发放基本工资而完全忽略绩效部分，且没有合理的解释或依据，那么这种做法可能违反公平原则，劳动者有权提出异议。
三、实际操作建议
核查劳动合同和规章制度：
- 劳动者应首先核查自己的劳动合同和公司规章制度，了解年终奖的发放条件、金额或计算方式等。
与公司沟通协商：
- 如果发现公司未按照约定或规定发放年终奖中的绩效部分，劳动者可以与公司进行沟通协商，要求公司说明原因并补发相应款项。
寻求法律援助：
- 如果沟通协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
最后，年终奖的发放问题涉及劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规等多个方面。如果劳动者对此有疑问或认为自己的权益受到侵害，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。