结论前置：擅自收取违约金是否在财务上违法，需分情况讨论，具体如下：
- 合同有明确约定且合法合规时：如果双方签订的合同中明确约定了违约金的收取条件、计算方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定（如违约金比例未过高到显失公平，未违反《民法典》中关于违约金调整的规定等），那么一方在对方违约时按照合同约定收取违约金，在财务处理上通常是合法的。在财务处理上，收取方应将违约金收入准确入账，按照规定缴纳相关税费（如增值税、企业所得税或个人所得税等，具体取决于收取方的主体性质和业务情况），这样在财务上就不会存在违法问题。
- 合同无明确约定或约定违法时：
- 合同无约定：若合同中没有关于违约金的约定，一方擅自向对方收取违约金，这种行为缺乏合同依据。从财务角度看，收取方可能面临被要求返还已收取款项的风险，如果收取方将该笔无依据的款项入账且未正确处理，可能涉及财务账目不实等违规问题，严重的可能面临税务机关的处罚等财务违法后果。
- 约定违法：如果合同中关于违约金的约定违反了法律法规的强制性规定，例如约定的违约金过高，远远超过了实际损失，根据《民法典》规定，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。在这种情况下，擅自按照违法约定收取高额违约金，不仅在民事法律关系上可能面临调整，在财务上，收取方可能因不当得利需要返还多收取的部分，若未正确处理财务账目，也会引发财务违法风险。
额外提醒：在实际的财务和法律操作中，违约金的收取和使用要严格遵循合同约定和法律规定。如果对违约金收取的合法性以及财务处理存在疑问，可以继续向我咨询，我会结合具体情况为你详细分析。