公司设置的违约金是否合法，需视具体情况而定，但总体来说，公司设置违约金在一定条件下是合法的。以下从不同角度进行详细分析：
一、合法性依据与条件
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这为违约金的存在提供了法律基础。同时，该条款也规定了违约金的调整机制，即约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
- 在劳动合同领域，《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条和第二十三条分别规定了服务期约定和竞业限制约定下，劳动者违反约定时应向用人单位支付违约金的情况。
合法条件：
- 服务期约定：若公司为劳动者提供专项培训费用，进行专业技术培训，并与劳动者订立协议约定服务期，劳动者违反服务期约定的，应按约定向公司支付违约金。但违约金的数额不得超过公司提供的培训费用中尚未履行部分所应分摊的费用。
- 竞业限制约定：对负有保密义务的劳动者，公司可以在劳动合同或保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予经济补偿。若劳动者违反竞业限制约定，则应按约定向公司支付违约金。
二、违约金的合理性
- 违约金的数额必须合理，不能过分高于因员工违约所造成的实际损失。如果约定的违约金过高，员工有权请求人民法院或仲裁机构对过高的违约金进行适当减少。例如，若公司因员工违约造成的实际损失为1万元，但约定的违约金为10万元，则员工可以请求减少违约金数额。
三、不合法的情况
- 无合法依据随意设定违约金：公司在劳动合同中随意约定不合理的违约金情形，如员工提前离职就要支付高额违约金，且该违约金并非基于服务期或竞业限制等法定情形，这种约定是不合法的。
- 未履行相关义务却要求扣违约金：在竞业限制约定中，如果公司没有按照约定向劳动者支付竞业限制经济补偿，或者在服务期约定中没有按照约定提供培训等相关服务，却要求劳动者支付违约金，这也是不合法的。
四、员工权益保护
- 公司不能随意对员工进行罚款或扣违约金。如果员工没有违反任何规定，公司无权对其处以罚款或要求支付违约金。
- 员工认为公司扣取的违约金不合理时，可以通过法律途径进行申诉，维护自己的合法权益。例如，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼。
总结与建议：
公司在设置违约金时，必须确保有明确的法律依据和符合法律规定的约定情形，同时违约金的数额应合理并符合法律规定。对于员工而言，应了解自己的权益，对于不合理的违约金要求，有权通过法律途径进行维权。若您对公司设置的违约金有疑问或认为其不合理，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。