针对您提出的“科长试用期不合格怎么处理”的问题，这主要涉及到党政领导干部的试用期管理以及劳动合同法的相关规定。以下是我为您提供的详细解答：
一、党政领导干部试用期管理
根据《党政领导干部任职试用期暂行规定》，对于提拔担任非选举产生的司厅局级以下（含司厅局级）领导职务的干部，包括科长等职位，会设定一年的试用期。在试用期间，领导干部需要履行所任职务的职责，并享受相应的政治和工资待遇。
试用期满考核：试用期满后，组织（人事）部门会对领导干部进行考核，重点考核其对所任职务的适应能力和履行职责的情况。
考核结果处理：
特殊情况处理：如果在试用期间工作出现重大失误或犯有严重错误，不宜继续试用的，会提前结束试用期，并按有关规定予以处理。
二、劳动合同法相关规定
虽然党政领导干部的试用期管理有其特殊性，但如果是基于劳动合同关系的科长职位，那么还需要考虑《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定。
解除劳动合同条件：根据劳动合同法第三十九条，劳动者在试用期间被证明不符合录用条件的，用人单位可以解除劳动合同。但这里的关键是，用人单位需要有充分的证据证明劳动者不符合录用条件。
证据要求：用人单位在解除劳动合同时，必须提供劳动者不符合录用条件的证据。如果没有证据或证据不充分，用人单位则不能以此为由解除劳动关系，否则可能需要支付违法解除劳动合同的赔偿金。
三、综合处理建议
对于党政领导干部：如果科长是党政领导干部，且处于试用期内，那么应严格按照《党政领导干部任职试用期暂行规定》进行考核和处理。如果考核不合格，应免去试任职务，并按原职级安排适当工作。
对于基于劳动合同关系的科长：如果科长是基于劳动合同关系聘用的，那么用人单位在解除劳动合同时，必须确保有充分的证据证明科长不符合录用条件。否则，可能需要面临支付违法解除劳动合同赔偿金的风险。
沟通与协商：在处理此类问题时，建议与科长进行充分的沟通和协商，了解其想法和意见，尽量达成共识，以维护良好的工作关系和团队氛围。
综上所述，科长试用期不合格的处理方式取决于其职位性质和相关的法律法规。如果是党政领导干部，应按照相关规定进行考核和处理；如果是基于劳动合同关系的职位，则应确保有充分的证据支持解除劳动合同的决定。