针对“责令停止施工，施工单位不停止施工”的情况，可以采取以下措施：

1. 行政强制措施：

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关建设工程管理法规，行政机关在发现施工单位违法施工且拒不停止时，有权采取进一步的行政强制措施。这可能包括查封施工场地、扣押施工设备等，以直接阻止违法施工行为的继续。
   • 具体操作：行政机关应首先出具书面的责令停止施工通知书，并明确告知施工单位若不停止施工将面临的法律后果。若施工单位仍不停止，行政机关可依法采取上述强制措施，并确保有充分的证据记录整个过程，以备后续可能的法律争议。

2. 申请法院强制执行：

   • 如果行政机关的责令停止施工决定具有法律效力，且施工单位在法定期限内既不申请行政复议也不提起行政诉讼，同时拒不履行停止施工的义务，行政机关可以向人民法院申请强制执行。
   • 具体操作：行政机关需准备完整的申请材料，包括责令停止施工的决定书、施工单位拒不履行的证据等，并向有管辖权的人民法院提交强制执行申请。法院在审查后，若认为申请合法有据，将裁定强制执行，并可能采取罚款、拘留等措施对施工单位进行制裁。

3. 追究刑事责任（在极端情况下）：

   • 如果施工单位的违法施工行为严重到构成犯罪，如造成重大安全事故、环境污染等，那么除了行政处罚外，还可能面临刑事责任的追究。
   • 具体操作：在此情况下，行政机关或相关监管部门应及时将案件移送司法机关，由司法机关依法进行侦查、起诉和审判。施工单位及其相关责任人员可能因犯罪行为而受到刑罚的制裁。

4. 加强监管与执法力度：

   • 除了上述具体的法律措施外，行政机关还应加强对施工单位的日常监管，确保施工单位遵守相关法律法规和规章制度。对于发现的违法施工行为，应及时进行查处，并依法给予相应的处罚。
   • 具体建议：行政机关可以建立定期巡查制度，对施工场地进行不定期的检查；同时，加强与相关部门的沟通协调，形成合力，共同打击违法施工行为。

在处理此类情况时，还需注意以下几点：

• 确保程序合法：行政机关在采取任何措施时，都必须确保程序合法，遵循法定程序和权限，避免因程序违法而导致措施无效或引发法律争议。
• 充分收集证据：在采取强制措施或申请法院强制执行前，行政机关应充分收集施工单位违法施工的证据，包括现场照片、视频、证人证言等，以确保措施的合法性和有效性。
• 加强沟通协调：在处理此类情况时，行政机关应加强与施工单位的沟通协调，尽量通过协商、调解等方式解决问题，避免矛盾激化。

若您在实际操作中遇到具体问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和指导。