结论：新员工有保底工资而老员工没有，这一做法是否违法，需结合具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 劳动合同与集体合同约定：

   • 如果新员工与用人单位在劳动合同中明确约定了保底工资，而老员工的劳动合同中并未约定，且这一约定不违反法律法规的强制性规定，那么从合同自由的角度来看，这种差异并不违法。但需注意，如果集体合同中规定了全体员工都应享有的工资待遇，而用人单位却对新老员工实行不同标准，这可能构成对集体合同的违反。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同应当明确约定劳动报酬等条款。同时，如果用人单位与劳动者订立了集体合同，集体合同中的劳动报酬等标准不得低于当地人民政府规定的最低标准，且用人单位与劳动者订立的劳动合同中劳动报酬等标准不得低于集体合同规定的标准。

2. 同工同酬原则：

   • 如果新员工和老员工从事相同或类似的工作，且工作量、工作难度、工作条件等基本相同，但新员工有保底工资而老员工没有，这可能违反了同工同酬的原则。同工同酬要求用人单位对相同或者相近岗位上的劳动者，实行相同的劳动报酬分配办法。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第四十六条：“工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。”如果用人单位违反这一原则，劳动者有权向劳动行政部门投诉，要求用人单位改正。

3. 用人单位规章制度：

   • 如果用人单位的规章制度中明确规定了新员工有保底工资而老员工没有，且这一规定不违反法律法规的强制性规定和同工同酬原则，那么这种差异可能是合法的。但需注意，用人单位的规章制度必须经过民主程序制定，并向劳动者公示或告知，否则可能对劳动者不产生约束力。
   • 建议：即使规章制度中有这样的规定，用人单位也应谨慎考虑其合理性和公平性，避免引发劳动争议和员工不满。

4. 特殊情况下的合法性：

   • 在某些特殊情况下，如新员工处于试用期、培训期或特定项目期间，用人单位可能为了吸引人才或保障新员工的基本生活需要而设定保底工资。这种情况下，如果用人单位能够证明这种差异是合理的且符合法律法规的规定，那么这种差异可能是合法的。

综合建议：

• 对于用人单位而言，应确保工资分配制度的公平性和合理性，遵守同工同酬原则，避免对新老员工实行不同的工资标准，除非有充分的合理理由且符合法律法规的规定。
• 对于劳动者而言，如果认为自己的工资待遇不公平或违反了法律法规的规定，可以向劳动行政部门投诉或寻求法律援助，维护自己的合法权益。

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