学校让应届生签订毕业生就业协议书是合法的。毕业生就业协议书（简称《就业协议书》或《三方协议》）是教育部统一制订的，具有法律效力的书面材料。这份协议对毕业生本人、用人单位以及培养院校都具有约束力，并且是学校落实、汇总、上报教育部毕业生就业方案的重要依据，同时也是毕业生户口档案转寄的重要依据。

在签订《就业协议书》时，需要遵循一定的流程和规定。首先，毕业生与用人单位通过供需见面、双向选择，达成就业意向。然后，毕业生在《就业协议书》上填写基本信息及签署应聘意见，用人单位签字盖章。对于省（市）属高校、中小学、非国有大型企业等，还需要其上级主管部门审批盖章。接着，用人单位与毕业生签约盖章后，将协议书寄送毕业生本人签收。最后，各培养单位主管就业工作的负责老师在就业管理系统上进行审核和确认，并在协议书上加盖单位公章。协议生效后，毕业生还需尽快到就创中心盖章备案。

在签订协议时，毕业生需要特别注意以下几点：一是要慎重签订，充分了解签订就业协议的流程，并认真阅读协议书中的内容，特别是用人单位的附加条款，确保条款内容合理且可接受；二是要注意协议内容的合法性和合规性，不得违反国家有关法律规定，不得损害学校、用人单位和毕业生三方的权益；三是要信守协议，一旦签订即视为生效，不得随意违约。

综上所述，学校让应届生签订毕业生就业协议书是合法的，并且这份协议对于保障毕业生、用人单位和学校的权益都具有重要意义。因此，建议毕业生在毕业前认真签订这份协议，并妥善保管好相关材料。