针对您提出的“注册公司后有违法行为怎么处理”的问题，这确实是一个涉及法律责任和公司管理的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，公司注册后若存在违法行为，将依据违法行为的性质和严重程度，受到相应的法律制裁。这些制裁可能包括行政处罚、民事赔偿以及刑事责任等。
一、行政处罚
公司登记时的违法行为：
- 如果公司在登记时存在虚报注册资本、提交虚假证明文件或采取其他欺诈手段隐瞒重要事实等行为，根据《公司法》的相关规定，公司将被责令改正，并可能面临罚款。具体罚款金额根据违法行为的严重程度而定，如虚报注册资本的，处以虚报注册资本金额百分之五以上百分之十以下的罚款；提交虚假证明文件或采取其他欺诈手段的，处以一万元以上十万元以下的罚款。情节特别严重的，还可能被撤销公司登记。
其他行政违法行为：
- 除了公司登记时的违法行为外，公司还可能因违反其他行政法规而受到处罚，如环保、税务、工商等方面的违规行为。这些处罚通常包括罚款、没收违法所得、责令停产停业等。
二、民事赔偿
- 如果公司的违法行为给第三方造成了损失，如侵犯了他人的知识产权、商业秘密或造成了人身伤害等，公司可能需要承担民事赔偿责任。这通常涉及赔偿受害方的经济损失、精神损害抚慰金等。
三、刑事责任
- 对于严重的违法行为，如虚报注册资本罪、虚假出资、抽逃注册资本罪、职务侵占罪等，公司及其直接负责的主管人员和其他责任人员可能面临刑事责任。这包括有期徒刑、拘役、罚金等刑罚。例如，在您提供的案例中，朱某因职务侵占罪被判处有期徒刑一年八个月，缓刑二年，并处罚金5万元。
四、公司内部管理建议
完善内部监管制度：
- 公司应建立健全内部监管制度，明确各部门和岗位的职责和权限，确保公司运营合规。例如，对于公司注册的公众号等虚拟财产，应明确管理权限和审核流程，防止员工随意操作或非法转让。
加强员工法律意识培训：
- 公司应定期组织员工进行法律意识培训，提高员工的法律素养和合规意识。这有助于减少因员工法律意识淡薄而引发的违法行为。
及时处理违法行为：
- 一旦发现公司存在违法行为，公司应立即采取措施进行整改，并积极配合相关部门的调查和处理工作。这有助于减轻公司的法律责任和声誉损失。
综上所述，注册公司后有违法行为将受到严厉的法律制裁。因此，公司应严格遵守相关法律法规，加强内部管理，提高员工的法律意识，以确保公司运营合规并避免不必要的法律风险。