结论概述：
在合同纠纷中，若怀疑进账发票为虚开，且涉及是否已给对方合同款的情况，两者在法律后果、税务处理及合同履行责任上存在显著差异。以下将详细分析这两种情况下的法律影响及应对建议。
一、已给对方合同款，但进账发票怀疑是虚开
法律后果：
- 税务风险：若发票被证实为虚开，企业可能面临税务机关的处罚，包括补缴税款、滞纳金及罚款等。同时，虚开发票还可能影响企业的税务信用评级，进而影响未来的税务合规和经营活动。
- 合同履行责任：从合同角度看，企业已履行了付款义务，但若发票问题导致合同目的无法实现（如因发票问题导致无法进行正常的财务报销或税务抵扣），企业可能有权要求对方承担违约责任或提供合法有效的发票。
应对建议：
- 立即与对方沟通：要求对方提供合法有效的发票，或解释发票问题的原因，并协商解决方案。
- 咨询税务机关：向当地税务机关咨询发票的真实性及可能的税务后果，以便及时采取措施降低风险。
- 保留证据：保存与对方的沟通记录、付款凭证及发票等证据，以备不时之需。
二、未给对方合同款，且进账发票怀疑是虚开
法律后果：
- 合同履行责任：企业未履行付款义务，可能构成违约。若对方因此提起诉讼或仲裁，企业可能需承担违约责任，包括支付合同款、违约金及赔偿损失等。
- 税务风险：虽然企业未实际支付款项，但若已将虚开发票入账，仍可能面临税务机关的处罚。此外，虚开发票还可能影响企业的财务状况和信誉。
- 刑事风险：在极端情况下，若企业明知发票为虚开仍接受并使用，可能构成虚开发票罪的共犯，面临刑事处罚。
应对建议：
- 暂停付款：在发票问题解决前，暂停向对方支付合同款，以避免进一步的风险。
- 深入调查：对发票的真实性进行深入调查，包括与发票开具方联系核实、向税务机关查询等。
- 协商解决：与对方协商解决方案，如要求对方提供合法有效的发票、更换发票或解除合同等。
- 法律准备：若协商无果，做好法律应对准备，包括收集证据、咨询律师及准备诉讼或仲裁等。
综合建议：
- 加强内部管理：企业应建立健全的发票管理制度，确保发票的真实性和合法性。同时，加强对员工的培训和教育，提高其对虚开发票的认识和防范能力。
- 及时咨询专业律师：在遇到发票问题时，及时咨询专业律师的意见和建议，以便及时采取措施降低风险并维护自身权益。
如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。