结论概述：虚开的普通发票入账后，无论是否支付合同款，在法律上都存在显著区别，主要体现在税务违法性、法律责任以及可能引发的后续调查与处罚上。以下是对这一问题的详细分析：

1. 税务违法性方面：

   • 虚开发票本身：无论是否支付合同款，虚开普通发票均构成违法行为。根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，任何单位和个人不得有虚开发票行为，这包括为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，以及介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。
   • 入账行为：将虚开的发票入账，进一步加剧了违法性。入账意味着企业试图通过虚开发票来掩盖真实的财务状况或逃避税收，这是税务机关重点打击的行为。

2. 法律责任方面：

   • 未支付合同款：如果虚开的发票入账后，企业并未实际支付合同款，这可能被视为一种欺诈行为或试图通过虚开发票来获取非法利益。税务机关在发现后，除了会要求企业补缴税款、滞纳金外，还可能对企业进行罚款，甚至追究相关责任人的刑事责任。
   • 已支付合同款：如果企业已经支付了合同款，但发票是虚开的，这同样构成违法行为。税务机关在调查时，会关注企业是否明知发票是虚开的而仍然接受并入账，以及是否因此获得了不当利益。根据情节的严重程度，企业可能面临补缴税款、滞纳金、罚款以及刑事责任等后果。

3. 后续调查与处罚方面：

   • 调查难度：对于未支付合同款的情况，税务机关在调查时可能更容易发现虚开发票的线索，因为资金流与发票流不一致。而已支付合同款的情况，调查难度可能相对较大，但税务机关仍会通过其他手段（如比对合同、物流信息等）来核实发票的真实性。
   • 处罚力度：无论是否支付合同款，一旦查实虚开发票行为，税务机关都会根据违法情节的严重程度来决定处罚力度。这包括罚款的数额、是否追究刑事责任等。

法律建议：

• 立即整改：如果企业发现自身存在虚开发票入账的行为，无论是否支付合同款，都应立即停止该行为，并主动向税务机关说明情况，配合调查。
• 加强内部管理：企业应建立健全的财务管理制度，加强对发票的审核和管理，确保所有发票均真实、合法、有效。
• 寻求专业帮助：如果企业对税务法律问题存在疑问或困惑，应及时咨询专业律师或税务师，以获取准确的法律意见和帮助。

可能后果：

• 经济处罚：企业可能面临补缴税款、滞纳金以及罚款等经济处罚。
• 刑事责任：在严重情况下，企业相关责任人可能面临刑事责任的追究。
• 声誉损害：虚开发票行为还可能对企业的声誉造成损害，影响企业的正常经营和发展。

总之，虚开的普通发票入账后，无论是否支付合同款，都构成违法行为，并可能引发严重的法律后果。因此，企业应严格遵守税务法律法规，确保所有财务活动的合法性和合规性。如有任何疑问或困惑，请直接向我咨询。