核心结论：员工离职后持有盖过公章的赔偿相关文件，其法律效力及后续处理需分情况讨论，具体如下：

1. 若文件内容合法且符合双方约定
   若该文件（如赔偿协议、离职补偿确认书等）内容不违反法律强制性规定，且双方在签署时意思表示真实（例如员工未受胁迫、欺诈），则公章的加盖通常视为公司对文件内容的确认，文件具有法律效力。此时：

   • 公司需按文件约定履行赔偿义务（如支付经济补偿金、赔偿金等）；
     
   • 若公司拒绝履行，员工可凭文件向劳动仲裁机构申请仲裁，或直接向法院起诉要求公司支付。
     法律依据：根据《劳动合同法》第16条、第50条，劳动合同或补充协议经双方协商一致并签字盖章后生效，公司应按约定履行义务。

2. 若文件存在效力瑕疵
   若文件存在以下情形，可能被认定为无效或部分无效：

   • 公章使用违规：如加盖公章的人员无权限（如非法定代表人或授权人），或公章系伪造、盗用，公司可主张文件无效；
     
   • 内容违法：如赔偿金额远高于法定标准（如违法解除劳动合同的赔偿金超过法定上限），超出部分可能被认定无效；
     
   • 员工欺诈/胁迫：若公司能证明员工通过欺诈、胁迫等手段迫使公司签署文件，可申请撤销该文件。
     处理方式：公司需在知道或应当知道撤销事由之日起1年内向仲裁机构或法院申请撤销文件，否则撤销权消灭。

3. 若文件真实性存疑但无法直接否定
   若公司怀疑文件真实性（如公章真实但签署过程有争议），可采取以下措施：

   • 申请公章鉴定：通过司法鉴定确认公章加盖时间是否与文件落款时间一致；
     
   • 举证签署过程瑕疵：如提供监控录像、证人证言等证明员工存在不当行为；
     
   • 协商解决：在证据不足的情况下，可与员工协商重新确认赔偿金额或分期支付。
     风险提示：若公司无法提供充分证据否定文件效力，可能承担举证不能的不利后果。

建议行动：

• 对公司：立即核查文件签署背景、公章使用记录及员工离职流程，评估文件效力；若存在瑕疵，尽快收集证据并咨询律师制定应对方案。
  
• 对员工：若公司拒绝履行赔偿义务，可整理文件、工资记录、离职证明等证据，向劳动仲裁机构申请仲裁，维护自身权益。
  

如有进一步细节（如文件具体内容、签署过程等），可直接向我咨询，我将结合具体情况提供针对性分析。