同时违反《保障农民工工资支付条例》第五十五条第一项和第二项的，不会因此受到双重处罚，而是会合并处罚或者选择较重的处罚进行适用。以下是对此问题的详细分析：
一、法律条款解读
《保障农民工工资支付条例》第五十五条明确规定了对于违反该条例行为的处罚措施。其中，第一项和第二项分别针对不同的违法行为设定了相应的处罚。具体来说：
二、处罚原则
在行政处罚中，通常遵循“一事不再罚”原则，即对同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。这一原则同样适用于《保障农民工工资支付条例》的处罚规定。当同一主体同时违反第五十五条的第一项和第二项时，这并不意味着会受到双重处罚。
三、合并处罚或选择较重处罚
合并处罚：在实际操作中，如果同一主体同时违反了多项规定，且这些规定之间存在关联或相似性，行政机关可能会考虑合并处罚。合并处罚并不是简单地将各项处罚相加，而是根据违法行为的性质、情节以及社会危害程度等因素，综合考量后作出一个合理的处罚决定。
选择较重处罚：另一种情况是，行政机关可能会选择对违法行为中较重的一项进行处罚。这通常发生在各项违法行为之间相对独立，且其中一项的违法情节明显重于其他项时。选择较重处罚的目的是为了更有效地打击违法行为，维护社会秩序和公共利益。
四、实际操作建议
对于同时违反《保障农民工工资支付条例》第五十五条第一项和第二项的行为，建议相关主体：
及时整改：立即停止违法行为，并按照规定开设农民工工资专用账户、存储工资保证金、使用金融机构代发工资，同时编制工资支付台账并依法保存，向农民工提供工资清单等。
积极配合调查：在行政机关进行调查时，应积极配合，提供必要的证据和资料，以便行政机关准确判断违法行为的性质和情节。
寻求法律帮助：如果对处罚决定有异议或需要进一步的法律指导，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。
总之，同时违反《保障农民工工资支付条例》第五十五条第一项和第二项的，不会因此受到双重处罚。相关主体应了解并遵守相关法律法规，及时整改违法行为，并在必要时寻求法律帮助。