结论前置：针对员工私自偷走合同且单位未有留档，目前公司面临仲裁的情况，公司可以从以下几个方面着手应对：首先尝试通过合法途径收集证据，其次积极准备仲裁答辩材料，最后考虑与员工协商解决或寻求法律救济。以下是对这些方面的详细分析：
一、尝试收集证据
其他副本或备份：
- 尽管合同原件被偷走，但公司应首先检查是否有合同的电子副本、扫描件或复印件等。这些都可以作为证据在仲裁中使用。
- 同时，检查公司内部的文件管理系统、电子邮件或云存储等，看是否有合同的存档记录。
证人证言：
- 寻找可能目击员工偷走合同或了解合同内容的同事或第三方，他们的证言可以作为辅助证据。
- 证人证言应详细记录，并尽可能让证人出庭作证或提供书面证言。
监控录像：
- 如果公司安装了监控摄像头，且摄像头覆盖了合同存放的区域，那么监控录像可能记录下员工偷走合同的过程。
- 监控录像应作为重要证据保存，并在仲裁时提交。
其他相关证据：
- 如员工与合同相关的邮件、短信、聊天记录等，也可能作为间接证据使用。
- 这些证据应尽可能完整地保存，并展示其与合同丢失事件的关联性。
二、准备仲裁答辩材料
答辩状：
- 公司应准备一份详细的答辩状，阐述公司对员工仲裁请求的立场和理由。
- 答辩状应包括对员工指控的反驳、公司自身的证据和法律依据等。
证据清单：
- 列出公司准备提交的所有证据，包括上述提到的副本、备份、证人证言、监控录像等。
- 证据清单应详细、清晰，便于仲裁庭审查。
法律依据：
- 引用相关的法律法规，说明公司为何不应承担员工所指控的责任。
- 法律依据应准确、具体，与案件事实紧密相关。
三、考虑与员工协商解决或寻求法律救济
协商解决：
- 在仲裁前或仲裁过程中，公司可以考虑与员工进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 协商解决可以节省时间和成本，避免仲裁或诉讼带来的不确定性。
法律救济：
- 如果协商无果，公司应积极准备应对仲裁或可能的诉讼。
- 在仲裁或诉讼过程中，公司应充分行使自己的权利，如申请证人出庭、申请鉴定等。
- 如果仲裁结果对公司不利，公司还可以考虑向人民法院提起诉讼，寻求更高级别的法律救济。
额外建议：公司在日常管理中应加强对重要文件的保管和备份，以防止类似事件再次发生。同时，公司也可以考虑制定相关的规章制度，明确员工对重要文件的保管责任和义务，以及违反规定的处罚措施。
最后，面对这种情况，公司应保持冷静，积极应对，通过合法途径维护自己的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。