关于“在工厂里打架正当罚款是否合法”这一问题，我们可以从多个角度进行详细分析。

首先，罚款权力的归属是一个核心问题。罚款作为一种行政处罚权力，在我国法律体系中，仅由具有行政处罚权的行政机关和法律、法规授权的具有管理公共事务职能的组织所拥有。企业，包括工厂，并不属于这类主体，因此它们并没有法律赋予的直接罚款权力。这意味着，工厂不能仅凭自己的意愿对打架的员工进行罚款。

然而，这并不意味着工厂对打架员工束手无策。工厂可以通过内部管理规定和劳动合同来处理此类问题。例如，工厂可以在规章制度中明确规定，对于打架斗殴的行为，将给予警告、记过、降职、辞退等处理措施。这些处理方式都是基于企业内部的管理和劳动关系来进行的，既符合法律法规的要求，也能有效维护工厂的管理秩序。

另外，如果员工打架行为给工厂造成了经济损失，工厂还可以依据劳动合同的约定要求员工赔偿损失。这是基于民事法律关系中的损害赔偿责任，而非行政处罚。工厂可以通过合法途径，如协商、调解或诉讼等，来追讨因员工打架行为所造成的经济损失。

在极端情况下，如果打架行为造成了严重的后果，如伤害他人身体健康或破坏公物，工厂还可以向公安机关报案。公安机关将依法进行处理，打架者可能会面临治安处罚或刑事责任。

至于工厂是否可以在规章制度中规定罚款，虽然理论上工厂没有直接的罚款权力，但在实际操作中，如果罚款金额合理合法且不超法定限度，并且这些规定已经经过民主程序制定并向员工公示，那么工厂在一定程度上可以依据这些规定对打架员工进行经济处罚。但需要注意的是，这种处罚方式必须谨慎使用，并且要确保员工的合法权益不受侵害。

最后，如果工厂擅自对员工进行罚款，员工有权拒绝缴纳。若工厂强制扣除工资等，员工可以通过多种途径来维护自己的合法权益，包括与企业协商、向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁等。

综上所述，工厂并没有权力直接对打架的员工进行罚款，但可以通过内部管理规定、劳动合同以及民事法律关系中的损害赔偿责任来处理此类问题。同时，工厂也应加强员工教育和管理，完善规章制度，为员工创造一个和谐、安全的工作环境。