您好，关于个体工商户使用中医基础理论知识进行药食同源是否合法的问题，这主要取决于所使用的物质是否被列入国家规定的“按照传统既是食品又是中药材的物质目录”（简称“食药物质目录”）。

首先，根据《食品安全法》第三十八条的规定，生产经营的食品中不得添加药品，但是可以添加按照传统既是食品又是中药材的物质，即食药物质。这意味着，如果个体工商户想要使用某种中药材作为食品原料，必须确保该物质已经被列入食药物质目录。

其次，食药物质目录是由国务院卫生行政部门会同国务院食品安全监督管理部门制定、公布的。这个目录会动态更新，包括了对传统作为食品且列入《中华人民共和国药典》的物质的认定。目前，已经有一系列物质被明确列入食药物质目录，如丁香、八角茴香、山药、山楂等，共计102种（具体名单可能随时间有所增补或调整）。

对于个体工商户来说，如果想要使用中医基础理论知识进行药食同源的产品开发或销售，必须确保所使用的中药材属于食药物质目录中的物质。如果使用了未列入目录的中药材作为食品原料，那么这种行为就是违规的，可能会依照《食品安全法》的相关规定受到处罚。

此外，即使某种中药材被列入了食药物质目录，个体工商户在使用时也需要注意用量和安全性评价等问题。因为虽然食药物质在传统上被视为食品，但它们仍然具有一定的药理作用，过量使用或不当使用可能会对人体健康造成不良影响。

综上所述，个体工商户使用中医基础理论知识进行药食同源是合法的，但前提是必须确保所使用的中药材属于食药物质目录中的物质，并且在使用时遵循相关的用量和安全性评价要求。如果您对此还有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询相关部门或专业人士。