企业与农民签订土地永久使用合同，在通常情况下是不合法的，但在特定条件下可能存在合法性。以下是对这一问题的详细分析：
一、通常情况下的不合法性
法律规定明确期限：
- 根据《中华人民共和国农村土地承包法》等相关法律法规，土地承包有明确的期限规定。例如，耕地的承包期为三十年，草地的承包期为三十年至五十年，林地的承包期为三十年至七十年。这些规定是基于农业生产特点和农村发展需要等多方面因素综合考虑的。
- 如果合同中约定“永久使用”，这明显超出了法律规定的最长承包期限。因此，超出部分的约定通常会被认定为无效。不过，合同部分无效并不影响其他部分的效力，符合法律规定的部分仍然有效。
土地所有权性质决定：
- 我国土地实行社会主义公有制，即全民所有制和劳动群众集体所有制。农村土地一般属于农民集体所有，农民获得的是土地承包经营权，而非土地所有权。
- 承包经营权是有期限限制的用益物权，不能通过合同约定将土地永久交由某一方使用。否则，将变相改变土地所有权的性质，与我国的土地制度相违背。
合同效力与纠纷风险：
- 签订永久使用合同可能导致土地权属关系不清晰，容易引发后续的土地纠纷。
- 法律规定的承包期限是为了保护土地资源的合理利用和农村经济的稳定发展。违反规定签订永久使用合同可能不受法律保护，甚至面临法律风险。
二、特定条件下的合法性
续包情况：
- 在承包期届满后，按照国家有关规定可以继续承包，并且承包程序合法的情况下，可以签订长期甚至接近永久的承包合同。但这并非真正的“永久使用”，而是在法律规定的框架内进行的续包。
- 续包需要遵循相关法律法规的规定，确保程序的合法性和合同的有效性。例如，续包时可能需要经过村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意等法定程序。
国有土地特殊情况：
- 对于国有土地，可以通过出让等方式进行长期使用，但需符合土地利用总体规划、城市规划等相关规定，并依法办理相关手续，如签订国有土地使用权出让合同等。然而，这种情况并不适用于农村集体土地。农村集体土地的使用和承包必须严格遵守《农村土地承包法》等相关法律法规的规定。
三、法律建议
严格遵循法律规定：
- 企业在与农民签订土地使用合同时，应严格遵守相关法律法规的规定，避免违法违规操作。特别是要明确承包期限和土地用途，避免签订超出法律规定的永久使用合同或擅自改变土地用途。
确保程序合法：
- 涉及农村集体土地时，应确保承包程序合法，如经过村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意等法定程序。这有助于保护双方的合法权益，避免后续纠纷。
保护双方合法权益：
- 合同应明确双方的权利和义务，包括但不限于使用费支付、土地使用方式、违约责任等条款。这有助于在合同履行过程中保护双方的合法权益，减少纠纷的发生。
总结来说，企业与农民签订土地永久使用合同在通常情况下是不合法的。为了确保合同的合法性和有效性，双方应严格遵守法律规定，明确承包期限和土地用途，并确保承包程序合法。如果遇到相关法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。