关于土地协议长期耕作使用是否合法的问题，这主要取决于协议的具体内容、签订主体以及是否符合相关法律法规的规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 协议签订主体与资格：

   • 如果协议是由具有土地承包经营权的农户与另一方（如个人、合作社或企业）签订，且该农户有权处分其土地承包经营权，那么这样的协议在主体上是合法的。
   • 如果协议涉及的是农村集体所有的土地，且未经集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意，并报乡（镇）人民政府批准，那么这样的协议可能因主体资格问题而无效。

2. 协议内容与期限：

   • 协议内容应明确双方的权利和义务，包括耕作使用的范围、方式、期限以及收益分配等。如果协议内容合法、明确且不违反法律法规的强制性规定，那么这样的协议在内容上是合法的。
   • 关于期限，虽然“长期”是一个相对模糊的概念，但如果协议中明确约定了具体的耕作使用期限，并且该期限没有超过法律规定的上限（如土地承包经营权的剩余期限），那么这样的期限约定是合法的。如果协议未明确约定期限或约定的期限过长且无法确定具体终止时间，可能会引发争议。

3. 法律法规的遵守：

   • 协议必须遵守国家关于土地管理、农村土地承包、农业经营等方面的法律法规。例如，不得改变土地的农业用途，不得破坏土地的生态环境等。
   • 如果协议涉及的是基本农田，那么还必须遵守基本农田保护的相关规定，确保基本农田的面积不减少、质量不降低。

4. 可能的法律后果：

   • 如果协议合法有效，双方应按照协议约定履行各自的义务。如果一方违约，另一方有权要求违约方承担违约责任。
   • 如果协议因违反法律法规或主体资格问题而无效，那么双方应恢复原状，即返还因协议取得的财产，并可能因过错程度承担相应的赔偿责任。

建议：

• 在签订土地协议长期耕作使用前，务必确保协议签订主体具有合法资格，协议内容合法、明确且不违反法律法规的强制性规定。
• 如果可能的话，可以咨询当地土地管理部门或农业部门，了解相关政策和规定，以确保协议的合法性和有效性。
• 在协议履行过程中，双方应保持良好的沟通，及时解决可能出现的问题和争议。

如果您在土地协议长期耕作使用方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。