针对您提出的“合同约定先开票后付款，未开票的可以主张付款吗”这一问题，以下是我的详细解答：
一、合同约定的基本原则与解释
在商业合同中，双方约定的“先开票后付款”条款，是双方对交易流程的一种明确约定。然而，这一条款并不意味着买方在卖方未开具发票时就有权拒绝付款。合同条款的解释应综合考虑合同的整体内容、双方的交易习惯以及真实意图。除非合同中有明确且清晰的约定，将开具发票作为付款的唯一前提条件，否则，买方不能仅凭此条款拒绝履行付款义务。
二、付款义务与开票义务的独立性
从法律角度来看，付款和开票是两个独立的行为。支付价款是买方的主要合同义务，而开具发票则是卖方的附随义务。主要义务与附随义务在合同中的地位是不同的，买方不能因为卖方未履行其附随义务（即开具发票）而拒绝履行自己的主要义务（即支付货款）。
三、特殊情况下的处理
当然，也存在一些特殊情况。如果合同中确实明确、清晰地约定了以开具发票作为付款的前提条件，并且这一约定不违反法律的强制性规定，那么在这种情况下，买方在卖方未按约定开具发票时拒绝付款，可能不构成违约。但这种情况需要合同条款的表述非常明确，且通常在实际操作中较为少见。
另外，如果卖方无法或拒绝开具发票，导致买方实际遭受损失（如无法抵扣税款等），买方可以另行主张赔偿。但这与支付货款的义务是两个不同的问题，不能混为一谈。买方不能因为主张赔偿而拒绝支付货款。
四、实际操作建议
严格遵守合同约定：双方应严格按照合同约定的流程和时间节点履行各自的义务，确保交易的顺利进行。
明确合同条款：为避免未来可能出现的纠纷，建议在合同中明确约定开票与付款的具体时间和条件，以及违反这些约定的法律责任和后果。
友好协商与法律途径：如果在实际操作中遇到问题或争议，双方应首先尝试友好协商，寻求解决方案。如果协商不成，任何一方都可以通过法律途径解决纠纷，由法院根据合同的具体约定和双方的履行情况综合判断。
结论：
综上所述，当商业合同中约定了“先开票后付款”的条款时，买方通常不能仅仅因为卖方未开具发票就拒绝付款。除非合同中有特别明确且清晰的约定，将开具发票作为付款的唯一前提条件。因此，双方应严格遵守合同约定，并在遇到问题时及时寻求法律帮助，以确保交易的顺利进行和各自权益的保护。