结论：合同约定先开票再付款但实际先付款后开票，在双方协商一致且不违反法律法规强制性规定的情况下是可行的，但可能存在一定风险，需根据具体情况判断。

1. 合同变更角度
   根据《民法典》第五百四十三条，当事人协商一致可以变更合同。若双方在履行过程中通过实际行为（如先付款后开票）或补充协议明确变更了原条款，则该变更有效。例如：双方长期保持先付款后开票的交易习惯且未提出异议，可视为对原合同的默示变更。但需注意保留相关证据（如沟通记录、付款凭证等），避免后续纠纷。

2. 税务合规角度
   从税务管理角度，发票开具时间与纳税义务发生时间需匹配。根据《增值税暂行条例》第十九条，销售方应在收款时确认纳税义务（赊销和分期收款除外）。若先付款后开票，销售方可能需提前缴纳税款，但只要在规定期限内（如收款次月15日前）开具发票，通常不构成违法。但若故意延迟开票以逃避纳税，可能面临税务处罚。

3. 风险防范建议

   • 书面确认变更：建议双方签署补充协议或通过邮件、微信等书面形式确认变更开票付款顺序，避免口头约定。
     
   • 明确时间节点：在变更条款中约定具体开票时间（如付款后X日内），防止因拖延开票引发纠纷。
     
   • 保留履约证据：保存付款凭证、开票记录、沟通记录等，证明双方实际履行情况与合同变更一致。
     
   • 关注税务合规：销售方需确保在纳税义务发生时申报税款，避免因开票顺序变更导致税务风险。

4. 例外情形
   若合同涉及政府采购、建设工程等特殊领域，可能受《政府采购法》《建设工程质量管理条例》等法规约束，需严格遵循“先开票后付款”的强制性规定。此时擅自变更顺序可能导致合同无效或行政处罚。

总结：先付款后开票的可行性取决于双方协商一致程度、税务合规性及合同领域特殊性。建议根据实际情况评估风险，并通过书面形式固定变更内容。如有具体合同或行业背景，可进一步向我咨询细节。