行政部门在案件发生两年后是否还会进行调查，这主要取决于案件的性质、相关法律法规的规定以及行政部门的执法权限和程序要求。以下从几个方面进行详细分析：
案件性质与追诉时效：
- 对于某些行政违法行为，如果法律、法规明确规定了追诉时效（即从违法行为发生之日起至被发现或应当被发现之日止的时间限制），那么行政部门在追诉时效届满后通常不再进行调查。例如，根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条：“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。”这意味着，对于一般行政违法行为，如果两年内未被发现，行政部门通常不再进行调查或处罚。
- 然而，如果案件涉及重大公共利益、社会影响恶劣或法律另有特别规定（如涉及公民生命健康安全、金融安全等），追诉时效可能会延长，行政部门在两年后仍可能进行调查。
行政部门的执法权限与程序：
- 行政部门在调查案件时，必须遵循法定程序和权限。即使案件发生已超过两年，如果行政部门认为有必要进行调查（如接到举报、发现新证据等），且该调查不违反法律、法规的禁止性规定，那么行政部门仍可能启动调查程序。
- 此外，如果案件涉及多个行政部门或需要跨部门协作，调查程序可能会更加复杂，时间也可能更长。
特殊情况下的调查：
- 在某些特殊情况下，如案件涉及刑事犯罪或需要追究刑事责任，行政部门可能会将案件移送司法机关处理。此时，调查程序将遵循刑事诉讼法的规定，不受行政追诉时效的限制。
- 另外，如果案件涉及国家利益、公共利益或需要保护弱势群体等特殊情况，行政部门也可能在两年后继续进行调查或采取其他措施。
建议与注意事项：
- 如果您或您所在的组织面临行政部门在两年后仍进行调查的情况，首先应确认调查是否合法合规，包括是否遵循了法定程序、是否超过了追诉时效等。
- 如果您认为行政部门的调查行为存在违法或不当之处，可以依法提出异议或申请行政复议、提起行政诉讼等法律途径维护自身权益。
- 在任何情况下，都应积极配合行政部门的调查工作，提供真实、准确的证据和信息，以避免因不配合调查而可能引发的法律后果。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将竭诚为您提供专业的法律服务。