结论：国有企业员工在受到通报批评后，公司将处分放入员工档案是否合法，需结合具体情况判断，主要包括处分程序的合法性、处分依据的合法性以及档案管理的合规性。以下从这几个方面进行详细分析：

1. 处分程序的合法性：

   • 根据《企业职工奖惩条例》（虽已废止，但相关原则在现行劳动法律法规中仍有体现，且具体程序要求可参照《劳动合同法》及国有企业内部规章制度）及国有企业内部管理规定，企业对员工进行处分时，应遵循一定的程序，如调查取证、听取员工陈述申辩、作出处分决定并告知员工等。
   • 若公司在对员工进行通报批评并决定将处分放入档案时，未遵循上述程序，如未听取员工陈述申辩或未告知员工处分决定，则可能因程序违法而导致处分行为不合法。

2. 处分依据的合法性：

   • 公司对员工进行处分的依据应当是合法有效的规章制度或劳动合同中的约定。这些规章制度或约定应经过民主程序制定，且内容不违反法律法规的强制性规定。
   • 若公司依据的规章制度或劳动合同中的约定存在违法情形，如处分条款过于严苛、与法律法规相抵触等，则公司依据该依据作出的处分行为可能不合法。

3. 档案管理的合规性：

   • 根据《企业职工档案管理工作规定》等相关法律法规，企业职工档案应真实、完整地反映职工的历史情况，包括职工的奖惩记录。但档案的记录应基于合法有效的处分决定。
   • 若公司将不合法的处分决定放入员工档案，或档案记录内容与实际情况不符，则可能因档案管理不合规而引发法律问题。

具体建议：

• 核实处分程序：员工应首先核实公司对其进行通报批评并决定将处分放入档案的程序是否合法，包括是否听取了员工的陈述申辩、是否告知了员工处分决定等。
• 审查处分依据：员工应审查公司依据的规章制度或劳动合同中的约定是否合法有效，是否存在违法情形。
• 咨询专业意见：若员工对处分行为或档案管理的合法性存在疑问，建议咨询专业律师或劳动争议调解机构，以获取更具体的法律意见和帮助。

可能后果：

• 若公司处分行为合法且档案管理合规，则员工需接受处分决定，并可能面临处分记录对个人职业发展的影响。
• 若公司处分行为违法或档案管理不合规，员工有权要求公司撤销处分决定或更正档案记录，并可能因此获得相应的法律救济。

如有任何进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供更详细的法律意见。