事业单位员工请假三个月以上，工资发放需根据请假类型及单位规定综合判断，具体如下：

1. 病假情形
   根据《国家机关工作人员病假期间生活待遇的规定》及地方实施细则，病假工资发放与工龄挂钩：

   • 工龄不满10年：发放本人工资的70%；
     
   • 工龄满10年不满20年：发放80%；
     
   • 工龄满20年不满30年：发放90%；
     
   • 工龄30年以上：发放95%。
     需注意：病假工资不得低于当地最低工资标准的80%，且需提供医疗机构出具的病假证明。若单位未依法支付，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 事假情形
   事假期间工资通常由单位自主决定，但需符合以下原则：

   • 合理性：单位可扣发事假期间全部或部分工资，但扣发比例需与请假时长成比例（如请1天事假扣1天工资）；
     
   • 程序合法：单位规章制度需明确事假工资扣发规则，且经民主程序制定并公示；
     
   • 最低工资保障：扣除后实发工资不得低于当地最低工资标准。
     示例：若员工月工资5000元，请事假15天，单位可扣发2500元（5000÷30×15），但需确保剩余2500元不低于当地最低工资。

3. 其他特殊情形

   • 产假/陪产假：按生育保险规定发放生育津贴，单位不得额外扣减；
     
   • 工伤假：停工留薪期内原工资福利待遇不变，由工伤保险基金或单位支付；
     
   • 年休假/探亲假：工资全额发放，单位不得克扣。
     

建议行动：

1. 核对单位规章制度中关于请假工资的规定；
   
2. 保留请假证明（如病历、事假申请单等）；
   
3. 若单位违法扣发工资，可先与单位协商，协商不成可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
   

如有进一步疑问（如具体地区政策差异、单位规章制度合法性审查等），可直接向我咨询。