结论：公司规定10点上班，但老板要求9点半上班，并因迟到扣全勤是否合法，需分情况讨论。

分析：

1. 公司规章制度与劳动合同的一致性：

   • 首先，需要查看劳动合同中是否明确规定了工作时间。如果劳动合同中明确约定了10点上班，而公司老板单方面要求提前至9点半上班，这可能构成对劳动合同的变更。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，变更劳动合同应当与劳动者协商一致，并采用书面形式。因此，如果未经协商一致，公司单方面变更工作时间并据此扣全勤，可能不合法。

2. 公司规章制度的合法性：

   • 其次，即使公司规章制度中规定了提前上班的时间，也需要考察该规章制度是否合法。公司规章制度应当经过民主程序制定，并向劳动者公示或告知。如果规章制度未经民主程序制定或未向劳动者公示，那么该规章制度对劳动者不具有约束力。因此，如果公司规章制度未经过合法程序制定或未公示，老板据此扣全勤也可能不合法。

3. 扣全勤的合理性：

   • 再次，即使公司规章制度合法且劳动合同中有相关约定，扣全勤也需要具有合理性。全勤通常指的是劳动者在一个月内未迟到、早退、旷工等，完全按照公司规定的工作时间出勤。如果公司老板要求提前上班，但并未在劳动合同或规章制度中明确规定提前上班的时间作为全勤的考核标准，那么因迟到（相对于提前上班的时间）而扣全勤可能缺乏合理性。

4. 实际操作中的建议：

   • 对于劳动者而言，如果遇到此类情况，建议首先与公司进行沟通，明确工作时间和全勤的考核标准。如果沟通无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
   • 对于公司而言，建议制定合法、合理的规章制度，并与劳动者协商一致后实施。同时，在考核全勤时，应当明确考核标准，并确保考核标准的合法性和合理性。

总结与建议： 公司规定10点上班，但老板要求9点半上班并因迟到扣全勤是否合法，需根据劳动合同、公司规章制度的合法性以及扣全勤的合理性等多方面因素进行综合判断。如果劳动者认为公司的做法不合法或不合理，建议与公司进行沟通或寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。