结论：没有办理食品经营许可证的情况下，行政机关在执法过程中的自由裁量权本身并不因此失效，但行政机关必须依法行使该权力，且未办理许可证的行为将面临相应的法律后果。
一、自由裁量权的有效性
自由裁量权的定义：自由裁量权是行政机关在法律规定的范围内，根据具体情况自行判断、选择并作出决定的权力。这种权力是行政机关履行职责、实施管理所必需的。
自由裁量权与许可证的关系：办理食品经营许可证是从事食品经营活动的法定要求，但这一要求并不直接决定行政机关自由裁量权的有效性。即使未办理许可证，行政机关在执法过程中仍然拥有自由裁量权，但这种权力的行使必须受到法律的严格约束。
二、未办理食品经营许可证的法律后果
行政处罚：根据《中华人民共和国食品安全法》等相关法律法规，未取得食品经营许可证从事食品经营活动的，将面临行政处罚，包括但不限于罚款、没收违法所得、责令停业整顿等。这些处罚措施是行政机关在行使自由裁量权时，根据违法行为的性质、情节和社会危害程度等因素作出的具体决定。
自由裁量权的行使限制：虽然行政机关在执法过程中拥有自由裁量权，但这种权力的行使必须遵循合法、合理、公正、公开的原则。行政机关不能滥用自由裁量权，不能随意加重或减轻处罚，必须确保处罚决定与违法行为的性质、情节和社会危害程度相适应。
三、对经营者的建议
遵守法律法规：从事食品经营活动的经营者必须严格遵守相关法律法规，及时办理食品经营许可证等法定手续，确保合法经营。
了解自由裁量权：经营者应了解行政机关在执法过程中的自由裁量权及其行使原则，以便在面临行政处罚时能够合理维护自己的权益。
积极配合执法：在面临行政机关的执法检查时，经营者应积极配合，如实提供相关信息和资料，以便行政机关能够准确判断违法行为的性质、情节和社会危害程度，从而作出合理的处罚决定。
总结：没有办理食品经营许可证并不影响行政机关自由裁量权的有效性，但经营者必须承担未办理许可证的法律后果。作为经营者，应严格遵守相关法律法规，及时办理法定手续，确保合法经营。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。