公司部门一般不可以自行制定安全罚款金额，以下从不同角度为你详细分析：
从公司内部管理权限角度
公司部门通常是公司内部的一个职能单元，其权限来源于公司的授权。在制定涉及员工切身利益的规章制度，如安全罚款金额方面，部门往往不具备独立的制定权。公司整体的管理架构和决策流程通常要求此类重要事项需由公司的高级管理层，如董事会、总经理办公会等集体决策机构来决定，或者按照公司既定的规章制度制定程序，经过民主程序（如职工代表大会讨论等）来确定。部门自行制定可能会超越其权限范围，导致制度无效。
从法律法规角度
根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，用人单位制定涉及劳动者切身利益的规章制度，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。安全罚款金额直接关系到员工的经济利益，属于涉及劳动者切身利益的规章制度范畴。如果公司部门未经上述法定程序自行制定安全罚款金额，该规定可能因违反法定程序而不具有法律效力，员工有权拒绝执行，并且在发生纠纷时，公司可能面临不利后果。
从实际执行和合理性角度
即使公司部门出于加强安全管理的目的想要制定安全罚款金额，也需要考虑罚款金额的合理性。罚款金额过高可能会被认定为变相克扣员工工资，违反《工资支付暂行规定》中关于用人单位不得克扣劳动者工资的规定；罚款金额过低则可能无法起到有效的警示和约束作用。而且，在实际执行过程中，如果没有统一的标准和规范的程序，容易引发员工的不满和争议，影响公司的内部团结和正常运营秩序。
如果公司确实需要制定安全罚款相关规定，建议由公司层面按照法定程序，综合考虑安全管理的需要、员工的承受能力等因素，制定合理、合法、可行的安全罚款制度，并明确罚款的适用情形、金额标准、执行程序等内容。如果你还有其他关于公司规章制度制定、劳动法律纠纷等方面的问题，可以直接向我咨询。