关于公司自己制定的罚款是否合法的问题，这需要从多个角度进行详细分析。
一、公司罚款的一般不合法性
首先，从法律层面来看，根据我国《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。罚款本质上属于克扣工资的一种形式，而公司在没有法律明确授权的情况下，是无权对员工进行罚款的。此外，罚款作为一种行政处罚措施，其实施主体只能是具有相应执法权的行政机关，公司作为企业法人，并不具备行政执法权，因此也无权对员工进行罚款。
二、特殊情况下公司要求经济赔偿的合理性
尽管公司一般无权罚款，但在某些特殊情况下，如员工因故意或重大过失给公司造成经济损失时，公司要求员工进行经济赔偿却具有一定的合理性。这种赔偿并非传统意义上的“罚款”，而是基于损失赔偿的合理性。根据《工资支付暂行规定》第十六条，公司可以依据劳动合同要求员工进行经济赔偿，但赔偿的金额应合理设定，每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
三、公司合法管理员工的替代措施
为了避免直接罚款可能带来的法律风险，公司可以采取其他合法的替代性措施来管理员工行为。例如：
制定完善的规章制度：公司可以制定合法合理的规章制度来规范员工行为，明确员工的行为规范和违规处理措施。但需要注意的是，这些规章制度应经过民主程序制定，内容不违反法律法规的强制性规定，并已向员工公示或告知。
采取纪律处分：对于违反规定的员工，公司可以进行警告、记过、降级、撤职等纪律处分，以维护公司的正常运营秩序。
依法解除劳动合同：在员工严重违反公司规章制度或劳动合同约定的情况下，公司有权依法解除劳动合同。
加强培训与教育：通过定期组织员工培训，提升员工的职业素养和技能水平，增强员工对公司规章制度的理解和遵守意识。
四、制定与执行规章制度的注意事项
如果公司确实需要制定规章制度来管理员工行为，那么必须确保这些规章制度的内容合法合理，不侵犯员工的合法权益。同时，涉及劳动者切身利益的规章制度或重大事项，应当经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定，确保程序的公正性和透明度。规章制度制定后，还应向全体员工公示或告知，确保员工对其有充分的了解和认知。
综上所述，公司自己制定的罚款在一般情况下是不合法的。公司应通过制定合法合理的规章制度和劳动合同约定来规范员工行为，并采取合法的替代措施来管理员工。在员工造成损失时，应依法追究其赔偿责任，而非直接进行罚款。