动迁协议购房的房产税计算需分情况讨论，主要取决于房屋性质、地区政策及是否满足免税条件，具体如下：

1. 免税情形
   根据《财政部、国家税务总局关于棚户区改造有关税收政策的通知》（财税〔2013〕101号）及地方性政策，若动迁协议购房属于拆迁安置房（即因城市规划、土地开发等原因对被拆迁人进行安置的房屋），通常可享受房产税减免优惠：
   
   • 自用部分：被拆迁人取得安置房后自用的，免征房产税；
     
   • 出租部分：若将安置房出租，需按租金收入缴纳房产税，税率为12%（个人出租住房可减按4%征收）。
     

关键点：需保留拆迁协议、安置房产权证明等材料，以证明房屋性质符合免税条件。

1. 应税情形
   若动迁协议购房属于市场化商品房（即通过动迁补偿款购买普通商品房，非政策性安置房），则需按以下规则缴纳房产税：
   
   • 从价计征：按房产原值一次减除10%-30%后的余值计算（具体比例由地方政府规定），税率为1.2%；
     
   • 从租计征：若房屋出租，按租金收入征收，税率为12%（个人出租住房减按4%）。
     

示例：若房产原值为200万元，当地减除比例为30%，则年应纳税额=200万×(1-30%)×1.2%=1.68万元。

1. 地区差异
   部分城市（如上海、重庆）试点征收房产税，可能对动迁协议购房有特殊规定。例如：
   
   • 上海：对本地居民首套住房免征房产税，二套及以上按市场价70%×0.6%征收；
     
   • 重庆：对高档住房（建筑面积交易单价达上两年主城均价2倍以上）征收房产税。
     

建议：需结合当地政策进一步核实。

行动建议：

1. 确认房屋性质（安置房/商品房），保留拆迁协议、购房合同等材料；
   
2. 咨询当地税务局或通过官方渠道查询具体免税政策；
   
3. 若涉及出租，需按租金收入申报房产税，避免漏税风险。
   

如有其他细节需进一步分析（如房屋用途、地区政策等），可直接向我咨询。