结论：针对您提出的“合同约定以租金抵工程款，但对方擅自支付租金”的问题，这主要涉及到合同履行方式的变更以及违约责任的认定。以下是我从不同角度为您进行的分析和建议。

一、合同履行方式的变更

1. 合同约定：首先，我们需要明确合同中关于以租金抵工程款的约定。这是双方自愿达成的协议，具有法律约束力。如果合同中明确规定了租金抵工程款的具体方式、期限等，那么双方都应当按照约定履行。

2. 擅自变更：对方擅自支付租金，实际上是对合同履行方式的变更。这种变更如果没有得到您的同意，就构成了违约。因为合同是双方意思表示一致的产物，任何一方都不得擅自变更合同内容。

二、违约责任的认定

1. 违约行为：对方擅自支付租金，违反了合同中关于租金抵工程款的约定，构成了违约行为。

2. 责任承担：根据《民法典》的相关规定，违约方应当承担违约责任。这包括继续履行合同、采取补救措施或者赔偿损失等。具体到本案，您可以要求对方继续按照合同约定以租金抵工程款，或者要求对方赔偿因擅自支付租金给您造成的损失。

三、可能的法律后果及建议

1. 协商解决：我建议您首先与对方进行协商，明确表达您的立场和诉求，尝试通过友好协商的方式解决纠纷。这有助于维护双方的关系，也有助于快速解决问题。

2. 发送律师函：如果协商无果，您可以考虑委托我发送律师函给对方，正式告知其违约行为及可能承担的法律责任，以促使对方履行合同或进行赔偿。

3. 提起诉讼：如果对方仍然拒绝履行合同或赔偿损失，您可以考虑向法院提起诉讼。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据证明对方的违约行为以及您因此遭受的损失。法院将根据事实和法律规定作出判决，要求对方承担相应的法律责任。

四、注意事项

1. 保留证据：在整个过程中，您一定要注意保留好相关证据，如合同文本、支付记录、沟通记录等。这些证据将在后续的协商、律师函发送或诉讼过程中发挥重要作用。

2. 及时行动：一旦发现对方有违约行为，您应当及时采取行动，避免因为拖延而错过最佳的维权时机。

作为陶志宏律师，我专注于合同纠纷等法律领域，如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律服务。