结论：公司与新入职员工只签订3个月试用期合同并注明试用期工资，这种做法是不合法的。
法律依据与分析：
试用期合同的性质：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，试用期并非独立存在的合同期限，而是劳动合同的一部分。这意味着，试用期必须包含在劳动合同期限内，不能单独存在。
试用期的长度限制：
- 劳动合同期限三个月以上不满一年的，试用期不得超过一个月；
- 劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月；
- 三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月。
- 在您描述的情况下，如果仅签订了3个月的试用期合同，这实际上违反了上述规定，因为试用期长度与可能的劳动合同期限不匹配，且试用期合同本身就不应单独存在。
法律后果：
- 用人单位的法律责任：如果用人单位仅签订了试用期合同而未签订正式劳动合同，根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条，用人单位将面临支付双倍工资的法律风险。此外，用人单位无法规避为劳动者缴纳社会保险的义务。
- 劳动者的权益保护：劳动者有权要求用人单位签订正式的劳动合同，并可以就未签订劳动合同期间的双倍工资差额等向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
法律建议：
对于用人单位：
- 应当在与劳动者建立劳动关系时，同时订立书面的劳动合同，并在其中合法约定试用期（如需）。
- 避免单独签订试用期合同，以减少法律风险。
对于劳动者：
- 如果遇到用人单位仅签订试用期合同的情况，应明确指出其违法性，并要求签订正式的劳动合同。
- 如果沟通无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，或者收集相关证据向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。
总结：
公司与新入职员工只签订3个月试用期合同并注明试用期工资的做法是不合法的。用人单位应当遵守相关法律法规，与劳动者签订正式的劳动合同，并在其中合法约定试用期。劳动者也应了解自己的合法权益，并在遇到违法行为时及时采取法律措施保护自己。如果您有进一步的法律问题或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。