试用期只签试用期协议三个月是否合法，需视具体情况而定。以下是从不同角度进行的详细分析：
合法的情况
劳动合同期限匹配：
- 如果劳动合同期限为三年以上固定期限或无固定期限，那么约定三个月的试用期是合法的。根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条的规定，三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月，因此三个月的试用期在此范围内。
协议内容合法且后续有正式合同：
- 试用期协议的内容必须严格遵守《劳动合同法》等相关法律法规的规定，明确约定试用期的期限、工资待遇、工作内容、工作时间、劳动保护等条款。
- 试用期协议应作为劳动合同的一部分或附件，与正式劳动合同相互衔接。在试用期结束后，双方应根据试用期的表现决定是否签订正式的劳动合同。如果员工表现合格，用人单位应与员工签订正式的劳动合同，此时试用期协议自然终止或被正式劳动合同所替代。
不合法的情况
单独签订且无后续签约意向：
- 如果用人单位仅与劳动者签订试用期协议，而没有在试用期结束后与劳动者签订正式劳动合同的意向，或以试用期协议代替正式劳动合同，这种做法是不合法的。根据《劳动合同法》第十九条第四款规定，试用期包含在劳动合同期限内，不能单独存在。若只签订试用期协议而不签订正式劳动合同，则该试用期协议将被视为劳动合同，试用期的期限将被视为劳动合同的期限。
劳动合同期限不匹配：
- 如果劳动合同期限不满三年（如一年或两年），却约定了三个月的试用期，这违反了法律规定。在此情况下，劳动者有权与用人单位协商调整试用期至法定范围内，或向当地劳动监察部门投诉举报用人单位的违法行为，甚至申请劳动仲裁来寻求法律救济和赔偿。
试用期约定超法定期限：
- 即使劳动合同期限匹配，但如果试用期协议中约定的试用期期限超过了法律规定的上限（如劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月），那么这样的约定也是违法的。
法律建议
- 对于用人单位：在签订试用期协议时，应确保协议内容合法、程序合规，且作为劳动合同的一部分或附件。同时，应明确告知劳动者试用期的期限、工资待遇、转正条件等关键信息，避免产生纠纷。
- 对于劳动者：在签订试用期协议前，应仔细阅读协议内容，确保自己的权益得到充分保障。如果发现试用期协议存在违法或不合理之处，应及时与用人单位协商调整或拒绝签订。在试用期内，劳动者也应保留好相关证据（如工资支付记录、工作记录等），以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。
综上所述，试用期只签试用期协议三个月是否合法，取决于劳动合同的期限、协议的内容以及双方的签约意向等多个因素。因此，在签订试用期协议时，双方应谨慎对待，确保协议内容合法、合规且公平合理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。