结论：在商品房买卖合同中，若双方已明确约定了仲裁条款，且该仲裁条款有效，那么一方不同意仲裁而选择向法院起诉的，法院通常不会受理该案件，除非存在仲裁条款无效或特定情形。
一、仲裁条款的法律效力及后果
法律依据：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》第五条，当事人达成仲裁协议后，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。
- 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二百一十六条也明确规定，在人民法院首次开庭前，被告以有书面仲裁协议为由对受理民事案件提出异议的，人民法院应当进行审查，并裁定驳回起诉，若仲裁协议有效且符合相关条件。
法律效力：
- 有效的仲裁条款具有排除人民法院司法管辖权的法律效力。这意味着，一旦发生合同纠纷，双方当事人应当按照约定通过仲裁方式解决争议，而不是向法院起诉。
二、仲裁条款无效的情形
在以下情况下，仲裁条款将被视为无效，法院可以受理相关诉讼：
约定不明确：
- 仲裁协议对仲裁事项或者仲裁委员会没有约定或者约定不明确的，且当事人又达不成补充协议的，仲裁协议无效。例如，合同中仅约定“通过仲裁解决纠纷”，但未明确具体的仲裁机构，且事后双方无法就仲裁机构达成一致。
超出法律规定范围：
- 仲裁事项超出法律规定的仲裁范围，如涉及婚姻、收养、监护、扶养、继承等不能仲裁的事项，或者仲裁协议违反法律的强制性规定。
三、法院可受理的其他特定情形
即使存在有效的仲裁条款，法院在以下情形下仍可能受理案件：
仲裁程序未启动或无法进行：
- 如果一方当事人向法院起诉时，另一方当事人未在首次开庭前对人民法院受理该案提出异议，视为放弃仲裁协议，人民法院可以继续审理。
- 仲裁机构不存在、无法正常履行职责等客观原因导致仲裁程序无法进行。
一方当事人未参与仲裁程序：
- 如果一方当事人未按照仲裁条款的约定参与仲裁程序，且未提出任何异议，另一方当事人有权向法院起诉，此时法院可能会受理案件。
四、法律建议
审查仲裁条款：
- 在签订商品房买卖合同时，双方应仔细审查仲裁条款，确保其明确、具体，并符合法律法规的要求。如果仲裁条款存在模糊或不明确的地方，应及时进行补充或修改。
考虑仲裁与诉讼的利弊：
- 仲裁通常具有程序简便、效率较高、保密性强等优点，但仲裁裁决一旦作出，即具有终局性，当事人不得再向法院起诉。因此，在选择仲裁或诉讼时，双方应充分考虑各自的利弊。
寻求专业法律帮助：
- 如果双方对仲裁条款的有效性或法院的受理范围存在争议，建议寻求专业律师的帮助。律师可以根据具体情况提供法律意见，并帮助双方解决纠纷。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份商品房买卖合同，并在合同中明确约定了仲裁条款。后来，因合同履行发生纠纷，甲方向法院起诉乙方。如果乙方在首次开庭前向法院提出了有书面仲裁协议的异议，且仲裁协议有效，那么法院将裁定驳回甲方的起诉。但如果仲裁协议无效或存在上述特定情形，法院则可能受理该案件。
总之，在商品房买卖合同中约定仲裁条款时，双方应谨慎考虑并确保其有效性。如果一方不同意仲裁而选择向法院起诉，法院是否受理将取决于仲裁条款的有效性及是否存在特定情形。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。