结论：被告提出诉讼时效抗辩，庭审未质证但判决书上有判决的情况，可能涉及程序违法或证据认定问题，具体需结合案件细节分析。以下从不同角度详细阐述：
一、诉讼时效抗辩的提出与质证程序
诉讼时效抗辩的提出：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，被告有权在诉讼中提出诉讼时效抗辩，主张原告的诉讼请求已超过法定诉讼时效期间。
- 诉讼时效抗辩是被告的一项重要权利，旨在防止原告滥用诉权，保护被告的合法权益。
质证程序的重要性：
- 质证是庭审过程中的重要环节，当事人有权对对方提出的证据进行质证，包括证据的真实性、合法性、关联性等方面。
- 对于被告提出的诉讼时效抗辩，原告有权进行反驳，并提供相应证据证明其诉讼请求未超过诉讼时效期间。
- 庭审中未对诉讼时效抗辩进行质证，可能违反法定程序，影响案件的公正审理。
二、判决书上有判决的可能情况
法院对诉讼时效抗辩的认定：
- 尽管庭审中未对诉讼时效抗辩进行质证，但法院在审理过程中可能依据其他证据或法律规定，对诉讼时效抗辩进行了认定。
- 如果法院认为原告的诉讼请求确实已超过诉讼时效期间，且被告提出的抗辩成立，法院可能会在判决书中驳回原告的诉讼请求。
程序违法与判决效力：
- 如果庭审中未对诉讼时效抗辩进行质证，且该抗辩对案件结果具有重大影响，可能构成程序违法。
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，程序违法可能影响判决的效力，当事人有权在法定期限内提出上诉或申请再审。
三、应对策略与建议
审查庭审记录与判决书：
- 仔细审查庭审记录，确认庭审中是否确实未对诉讼时效抗辩进行质证。
- 分析判决书的理由部分，了解法院对诉讼时效抗辩的认定依据和理由。
考虑上诉或申请再审：
- 如果认为庭审程序违法或法院对诉讼时效抗辩的认定存在错误，可以考虑在法定期限内提出上诉或申请再审。
- 在上诉或申请再审过程中，应充分阐述庭审程序违法的事实和理由，以及法院对诉讼时效抗辩认定错误的具体表现。
咨询专业律师：
- 鉴于法律问题的复杂性和专业性，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
- 律师可以根据案件的具体情况，提供针对性的法律分析和应对策略，帮助当事人维护合法权益。
进一步思考：在处理此类案件时，除了关注庭审程序和判决效力外，还应重视证据的收集和整理工作。如果原告认为其诉讼请求未超过诉讼时效期间，应积极收集相关证据以证明其主张。同时，被告在提出诉讼时效抗辩时，也应提供充分证据支持其抗辩理由。在诉讼过程中，双方应充分行使质证权利，确保案件的公正审理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。