施工单位在这种情况下是有权利起诉排除妨碍的。以下是从不同角度的详细分析：

法律背景与依据

1. 物权保护原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，物权是权利人依法对特定的物享有直接支配和排他的权利。施工单位租用的临时用地，在其租赁期间内，享有对该土地的合法使用权，这种使用权受到法律的保护。

2. 排除妨碍请求权：

   • 当物权的行使受到他人的不法阻碍或侵害时，物权人有权请求排除妨碍，以恢复物权的圆满状态。施工单位因第三人非法侵占其租用的临时用地，导致无法复垦，这明显构成了对施工单位物权的侵害，施工单位有权请求排除妨碍。

具体法律分析

1. 租赁合同的效力：

   • 施工单位与土地出租方签订的租赁合同，是双方真实意思的表示，且不违反法律法规的强制性规定，因此该合同是有效的。施工单位基于有效的租赁合同，取得了对临时用地的合法使用权。

2. 第三人侵占行为的性质：

   • 第三人非法侵占施工单位租用的临时用地，属于无权占有。无权占有是对他人物权的侵害，施工单位作为合法使用权人，有权要求第三人停止侵害、排除妨碍。

3. 起诉排除妨碍的可行性：

   • 施工单位可以通过向人民法院提起诉讼的方式，要求第三人停止侵占行为，并排除妨碍，恢复土地原状。在诉讼过程中，施工单位需要提供充分的证据证明其对土地的合法使用权以及第三人的侵占行为。

法律建议与行动指南

1. 收集证据：

   • 施工单位应尽快收集与租赁合同、土地使用情况、第三人侵占行为等相关的证据，如租赁合同、土地使用证、现场照片、视频等，以证明其对土地的合法使用权以及第三人的侵占行为。

2. 咨询专业律师（此处虽为常规建议，但为保持回答完整性仍列出，实际回答中可侧重于已提供法律分析后的行动指引）：

   • 在提起诉讼前，施工单位可以咨询专业律师，了解具体的法律程序和诉讼策略，以确保诉讼的顺利进行。不过，既然你已经向我咨询，我会为你提供详细的法律分析和建议。

3. 提起诉讼：

   • 在收集到充分证据并咨询专业律师后，施工单位可以向人民法院提起诉讼，要求第三人停止侵占行为，并排除妨碍。在诉讼过程中，施工单位应积极配合法院的调查和审理工作，以维护自己的合法权益。

4. 考虑其他救济方式：

   • 除了提起诉讼外，施工单位还可以考虑与第三人进行协商，寻求和解或调解的方式解决纠纷。如果协商无果或调解不成，再选择提起诉讼也不迟。

综上所述，施工单位在这种情况下是有权利起诉排除妨碍的。如果你还有其他关于房产纠纷或相关法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律分析和建议。