员工不打卡、不接受公司制度管理，但按绩效发放工资，并不直接决定其属于劳务关系还是劳动关系。要判断员工与公司之间是劳务关系还是劳动关系，需要从多个角度进行综合考量。以下是对此问题的详细分析：
一、劳务关系与劳动关系的区别
劳务关系：通常指的是平等主体之间就提供劳务服务、获得劳务报酬所达成的协议。在劳务关系中，双方地位平等，不存在管理与被管理的关系，劳务提供者通常按照约定完成工作，获取报酬，不享受公司提供的福利待遇，也不受公司规章制度的约束。
劳动关系：则是指劳动者与用人单位之间，依法所确立的劳动过程中的权利义务关系。在劳动关系中，劳动者接受用人单位的管理，遵守用人单位的规章制度，从事用人单位安排的工作，并获取劳动报酬。劳动关系具有人身依附性和经济从属性。
二、判断劳务关系还是劳动关系的因素
管理关系：员工是否接受公司的管理，遵守公司的规章制度，是判断劳动关系的重要依据。如果员工虽然不打卡，但仍然接受公司的管理，遵守公司的其他规章制度，那么更倾向于认定为劳动关系。
报酬支付方式：虽然按绩效发放工资是劳动关系中常见的一种报酬支付方式，但并非决定性因素。劳务关系中也可能存在按绩效支付报酬的情况。因此，报酬支付方式不能单独作为判断劳务关系或劳动关系的依据。
工作性质与内容：员工所从事的工作是否属于公司的业务范围，是否为公司创造价值，也是判断劳动关系的重要因素。如果员工的工作是公司业务的重要组成部分，且为公司创造了价值，那么更倾向于认定为劳动关系。
合同形式：虽然合同形式不是判断劳务关系或劳动关系的唯一标准，但劳动合同的签订通常意味着劳动关系的建立。如果双方签订了劳动合同，即使员工不打卡，也更倾向于认定为劳动关系。
三、具体建议
审查合同：首先，应审查员工与公司之间签订的合同，明确合同性质、双方权利义务等关键条款。如果合同中明确约定了双方为劳动关系，且员工实际上也接受了公司的管理，那么应认定为劳动关系。
收集证据：如果合同不明确或存在争议，应收集相关证据，如工作记录、报酬支付凭证、公司规章制度等，以证明员工与公司之间的关系。这些证据将有助于判断双方是否存在管理与被管理的关系，以及员工是否为公司创造了价值。
咨询专业意见：在处理此类复杂问题时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况，结合相关法律法规和司法实践，为你提供准确的法律判断和建议。
总结来说，员工不打卡、不接受公司制度管理，但按绩效发放工资，并不能直接决定其属于劳务关系还是劳动关系。要判断双方的关系性质，需要从管理关系、报酬支付方式、工作性质与内容以及合同形式等多个角度进行综合考量。如果你对此问题仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。